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TVアニメ「Free!－Dive to the Future－」を再構築し、新規エピソードを追加した劇場版。

距今一百年前的日本，流行着一种被称为“虫”的神秘生命体，它无形无色，几乎不属于任何一个科属，却可对人类的精神和身体产生巨大的影响。白发独眼的男人银古（小田切让 饰）天生具有特殊体质，他可以感知到虫的存在，并利用这项技能帮助人排忧解难，因此他又被人们尊称为“虫师”。银古跋山涉水，四处云游，曾遭遇专吃声音的“阿牟”、长着四个角的女孩真火（守山玲愛 饰）、传说中的梦幻彩虹“虹蛇”、必须通过誊写虫的故事来将其封印的“禁种之虫”……在这一过程中，银古也不可避免受到虫的影响……本片根据日本漫画家漆原友紀同名原著改编。

故事讲述一对夫妻到泰国的某个海岛上渡假，宿醉醒来完全想不起来前一晚发生的事情。两人回朔相机里的照片，惊然发现前一晚老公将老婆杀害的画面。恐惧又困惑，台风逼近小岛，但下一班船要24小时之后才会抵达小岛，两人试图重建前一晚发生的事情——却被卷入神秘、黑魔法以及谋杀案之中。

妈祖娘娘出生便与众不同，不哭不闹，且有元神护身，海中来的水母怪想对刚出生的默娘不利时，元神便显现将水母怪赶跑，而打斗过程中，水母怪碰落烛台而点燃了窗帘，虽然家人即时扑灭，但仍使默娘受到惊吓，从此开始惧怕火。默娘从小聪明善良喜欢帮助别人，也很关心渔民的艰苦生活，十二岁跟随父母到寺庙烧香时，得到观音菩萨的指引，并拜仙道玄通为师学习法术。在前往上山学艺的途中，默娘碰到水精千里眼与金精顺风耳想将默娘带回当媳妇，逃跑过程中默娘受到惊吓而昏倒，所幸元神即时显现并未使其得逞，并将两人收服缩小，从此便跟随在默娘左右成为其护法。跟随玄通修习法术的过程中，默娘非常用功，但由于有怕火的毛病，逃避修练任何与火有关的法术，使得风、火、雷、电四种法术中的三昧之火一环无法完善，也为日后埋下隐患。有天，哥哥弘毅在野外迷失方向并摔伤了脚，默娘及父亲在寻找哥哥的过程中发现了黑夜中些微光线对辨别方向的重要性，从此她不畏风雨及黑夜的恐惧在海岸边尽力帮助归航的渔船识别方向，点燃灯火指引他们归航，让村里的渔民得到莫大的帮助。一日，默娘的父兄为了要帮默娘大姐办置嫁妆而出海，结果渔船在夜晚归航途中碰到大风浪，迷失在漆黑的海面上，默娘运用法术使元神出窍帮助哥哥掌舵，却被不知情的母亲因担心默娘陷入恶梦而打断，导致哥哥不幸落水身亡。为了帮助父亲和其他被围困在海上的渔船辨别方向，默娘引火将自家后院的柴房燃烧作为渔船辨别方向的光，但制造风浪的元凶三头怪却布下了乌云结界，使被困船只无法看到火光，只有三昧之火才能够穿透结界，但默娘因怕火而修练不精所以无法使用，在关键时刻玄通牺牲自我引导默娘，终于帮助她点燃三昧之火，默娘运用风、火、雷、电法术成功收服三头怪，并且引导渔船归航，拯救了渔民和自己的父亲，然而因降妖过程中过度劳累而失去了生命。默娘死后，元神不能在人世间停留太久，默娘的元神渐渐变得透明，也代表着她即将要离开，当她准备升天时，三头怪控制了龙王向人类发起大规模的进攻，默娘使尽所有法术，才将灾难平息，自己却也烟消云散。慈悲的观音菩萨超渡了默娘的元神，并且帮助默娘成仙，成为人类在海上的守护神——妈祖娘娘。