特种兵叱咤异界

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！

一个被腐蚀的潜水钟降落在一座废墟城市中，刺客从里面出来，探索着一个由怪异居民居住的迷宫般的奇特景观。

贝多芬（岑建勋 饰）和阿秋（吴耀汉 饰）是一对好朋友，也是搞笑鬼马的便衣搭档。他们常将警局闹得不可开交，连上司陈办（陈欣建 饰）也头疼不已。不过，自从阿秋和安娜（叶德娴 饰）结婚之后，贝多芬就变得孤苦伶仃，可怜兮兮。最终贝多芬搬到了阿秋家，和这对小夫妻凑成一个笑料百出的三人世界。陈办不堪其扰，将二人调到素有“鲨鱼田”之称的田警司（田俊 饰）麾下，两人被好好整了一番，苦不堪言。另一方面，陈办在执行任务时被多年前的宿敌飞天蠄蟧（林正英 饰）陷害。贝多芬和阿秋深知老上司被冤枉，于是明察暗访，发誓揪出幕后真凶……

杉虎之助は御家人の総領として生まれたが、十四歳の時に家出、池本茂兵衛に捨われ、無外流に似た実戦的な剣術使いとなった。八年後、江戸に戻った虎之助は屈強の勤番侍にからまれている叔父の旗本・山口金五郎を偶然救ってやる。その時の、侍数人を川の中に叩き込んだ虎之助の早業に、幼年時代、虎之助の親代りだった金五郎は目を見張った。またもう一人虎之助の働きに瞠目した青年武士がいた。門弟千余人をかかえる江戸屈指の心形刀流伊庭道場の後継ぎ、伊庭八郎である。時に、国中は勤王、佐幕の抗争が続き、京都では近藤勇、沖田総司ら新選組が池田屋騒動で勤王の志士を大量殺戮した頃である。虎之助の腕を見込んだ八郎は、自分の友人が隊長をしている洛中見廻り組に力を借してくれ、と熱心に口説いた。その夜、虎之助は恩師茂兵衛の使いの僧から、礼子という女を連れて京都に来いとの伝言を受けた。品川宿で会った礼子は男装の美女だった。道中、箱根で二人は薩摩藩々士に襲われるが、虎之助は全員斬り伏せる。以来、若い二人の間に愛情が芽生えた。京の町は騒然としていた。その中で虎之助の目を惹く使い手がいた。薩摩の中村半次郎である。その攻撃一途の示現流も迫力があったが、半次郎の情婦の法秀尼という尼僧は、虎之助が江戸にいる時、やくざの手から救ったお秀だったのだ。数日後、虎之助は乞食に身をやつした茂兵衛と再会した。茂兵衛は、自分は幕府の密偵で薩摩藩を探索する身であることを明かし、「お前だけは今の時の流れに巻き込まれず、次の世の中を見つめてくれ」と諭すのだった。礼子も親の代からの公儀隠密で、女ながらに幕府の為に身を挺してきた礼子の話を聞き、虎之助の血は騒いだ。やがて、上洛して来た八郎にすすめられて見廻り組に参加した虎之助は、副隊長格として勤皇の士を斬りまくった。杉虎の異名は京の都にとどろくが、心は空虚感にうちひしがられる日々だった。祇園祭の夜、茂兵衛が薩摩藩士に襲われ死んだ。仇、東郷直二を斬った虎之助に対する茂兵衛のいまわの言葉は「礼子と共に江戸へ帰れ、無駄死するな」だった。鳥羽伏見の戦いで、八郎、沖田総司ら幕軍は、半次郎らの官軍に破れた。その頃虎之助は、師茂兵衛の遺志を守り、礼子と二人で江戸で愛の日を送っていた。京から逃れて来た沖田総司が胸の病で死んだ。数日後、八郎が虎之助を訪れ、上野の彰義隊に加わり幕臣として最後の一戦を交えよう、と誘った。虎之助は断ったが、それは上野で斬り死にするより辛いことだった。上野の戦いは幕臣側の惨敗に終った。虎之助と、八郎の義妹で八郎とは相思相愛のつやが、上野の山に八郎を求めて彷徨うが生死不明だった。数日後、彰義隊の残党狩りでごった返す町中で、虎之助は片腕を失った八郎を発見した。八郎は虎之助に、柳生新陰流--本心流を受け継ぐ、心形刀流の奥儀である二十四の組太刀を伝えた後、再起をはかるのだ、と函館へ去った。そんなある日、残党狩りを続ける薩摩藩士村田以喜蔵が、虎之助の留守を襲い礼子を惨殺した。怒り狂った虎之助は、官軍の一隊を襲い、以喜蔵を斬った。明治六年。虎之助のところへ桐野利秋と名を替え陸軍少将となった半次郎が、遊びに来るようになった。全てが恩讐の彼方に流れ、二人の間に友情が復活したかのように見えたが、茂兵衛殺害の真犯人が実は半次郎であった、と知った虎之助は、西南戦争勃発で、鹿児島にいる西郷隆盛に従った半次郎を追って、鹿児島へ向かった。殺気をはらんで二人は対決したが、西郷の仲裁と、互いの憎悪が自然に消えていたこともあって、どちらからともなく刀を捨てた。西南戦争は終った。東京のとある橋の上で、流れる川を眺める虎之助の耳に号外の鈴の音--号外には西郷が自刃、半次郎戦死、との記があった。