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鲁邦正与不二子共进晚餐，突遭不明人物袭击。奔逃中，不二子落下悬崖。待鲁邦找到时，发现她已经失去记忆……本作为鲁邦三世第11部TVsp作品，也是20世纪最后一部鲁邦三世动画作品，于1999年7月30日放送。

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

任职于金融机构的周定发（周润发 饰）。他分别认识了做空姐的Sally（叶倩文 饰）跟开时装店的祖儿（王祖贤 饰）。周定发面对两位天姿国色都无法下决定，难舍其一，于是分别在英国及法国跟两女子结婚。婚后他们回到香港，周定发在好友志雄（李子雄 饰）的帮助下努力周旋与两个老婆之间，笑料百出。可是事情到了后来都是让两个老婆知道了真相，Sally与祖儿气愤不已，打算联合起来报复周定发。

四位幸存者发现他们被困在了深空中的同一个小逃生舱内。他们拼凑着线索，试图找出此前导致飞船被毁的原因。然而他们却发现，自己根本无法确定四人之中是否有人已经被感染……