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特别篇中，仲野太贺继续饰演今井胜俊，新川优爱、樱井日奈子加盟出演不知为何对今井热情高涨的女大学生。

狮子的一声吼叫令热闹的森林一下变得安静，众多惊慌失措的小动物纷纷躲了起来，可是“狐假虎威”的狐狸一声令下，它们也只得出来小心伺候“大王”，但狮子显然对它们而不是献上的贡品更感兴趣。诸多小动物的性命危在旦夕之际，走来一只大象，狮子一看有不识趣的家伙闯进自己的地盘，顿时火冒三丈，责令猴子、野鸡和小鹿分别与大象比赛摘果子、拣石子和走沼泽地，令它没想到的是，大象的本领竟是那样大。不甘心输的狮子决定亲自上阵。

以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。

东南亚的热带丛林，龙飞（陈虎饰）正与搭档帕于（托尼·贾饰）参加一项秘密任务，配合一个突击小队进行人道主义救援，但没想到，他们拼死救下的却是一个做恶多端令人闻风丧胆的犯罪头子柯林斯（斯科特·阿金斯饰）。柯林斯被救后，把所有知情人都锁在秘密基地的地牢里，临走时一炸了之，龙飞与帕于在生死关头逃了出来。逃出生天的二人秘谋报仇，但想报仇的不止他们，扎卡（伊科·乌艾斯饰）的妻子在这次行动中无辜殒命，扎卡在地下拳馆见到龙飞，误认为他是凶手，以死相搏，却因伤不敌，被龙飞打昏。龙飞和帕于好心把扎卡接到住处里休息，三人把酒言欢，没想到第二天一早，扎卡不见了，全副武装的警察却找上门来，原来扎卡举报他俩参加地下拳赛，两人被带到警察局关了起来。中国富商的女继承人田小娴（卢靖姗饰）来到马哈扎雅推动贫民窟改造计划，但她的计划侵犯了当地黑帮的利益进而遭到追杀，田小娴被迫逃入警局，没想到警局也不是安身之地，柯林斯带着他的雇佣兵突袭警局，田小娴再度处于危险之中。正好被关在警局的龙飞识破了黑帮的计谋，和帕于一起带田小娴逃走。黑帮血洗警局，然后栽赃给龙飞和帕于，无奈之下龙飞和帕于只好带着田小娴开始了逃亡之旅。因为黑帮的高额赏金，三人无处藏身，而这时扎卡也加入了柯林斯的队伍，敌友不明。一路历险，田小娴对龙飞和帕于建立起信任关系，扎卡也发现追杀龙飞和帕于的恶势力都是被一个姓苏的女人暗中操控着，她才是他真正的仇人。决战时刻，扎卡加入了龙飞的阵营，三人联手对抗全部武装的柯林斯一伙……