明朝熹宗年间，宦官魏忠贤图谋不轨，陷害忠良。东林党人顾宪成等豪侠之士，欲以“羊皮密卷”上呈熹宗，事未成，诸忠良遭魏杀害，唯顾宪成小女小云携“羊皮密卷”水遁逃去，投奔钱员外以求暂且栖身。钱员外贪功图利，欲向东厂报告，被幼女玲玲、幼子小胖发现后，告之小云。幸有一神秘道士“不知道人”飞身将小云救走，并窃走落入钱员外手中的“羊皮密卷”，将小云安置在一破庙中。庙中一名叫石头的小乞丐将小云打扮成乞丐女，混入街市寻找其他忠良后代。小云和石头结识了顽童小豆子和鼻涕虫。在他们走投无路之际，又有野道士暗中以“飞叶传书”指引他们投奔少林寺。来到寺门前，又遇见另一忠良遗孤高天鹏。少林寺念及孩子们的处境，破例收他们为弟子，交青草大师引领。一天，小云随少林寺俗家弟子至善外出学剑法，途中被魏忠贤手下杀手认出，双方激战，神秘道士助至善击退杀手。得到消息后，魏忠贤下令围剿少林寺。青草大师、至善护送孩子们离寺躲避。方丈被捕当作人质。为救方丈，小云私自下山而陷入重围。正当小云不支之时，道士、笑痴僧及师妹青青、苗苗赶来助战。道士战死，小云亦身中毒箭落井而亡。f临终前，小云将“羊皮密卷”托交至善。笑痴僧掩护至善、青青、苗苗突围。青草大师这时也已被东厂高手杀害。少林寺武惠师叔率至善等来到干佛崖古穴绝地，利用历代少林寺祖师遗留穴中之玄机，将追来的魏忠贤的手下先后除去。魏忠贤身怀刀枪不入之童子功，将他们逼向绝境。至善和苗苗悟出穴中有遗字秘诀，将蜡封闭气中的心明大师由蜡封中引出。心明大师用尽丹田修练的真元之气，全力一击，将魏忠贤的童子功破除，自己因元气大损而亡，但保住了忠良之后、少林幼苗。

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。不久，柯南连接数通向新一挑战的电话，对方均告知他已在某地放置会在某时爆炸的炸弹，柯南将危机一一化解后，开始与警方、毛利一起分析到底是何人所为。电视报道其中最为轰动的爆炸案时，柯南由画面联想到所有炸弹放置的地点附近均有森谷帝二自认不完美的作品，心中一惊。众人拜访森谷帝二时，柯南暗中将他的宅邸查看，找出凶犯正是他的证据，原来他是狂热的完美主义者，想亲手毁掉年轻时因妥协设计出的不绝对对称作品，并借机报复没令他的宏伟设计夙愿在西多摩市达成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大楼亦是他不完美的作品，小兰正在那里等新一赴约。

面貌清秀的宋志元（姜东元 饰）是来自朝鲜的谍报人员，在代号441的老间谍影子的带领下，他们闯入首尔一幢公寓，刺杀了本国叛逃人员及其一家。期间，他们遭遇韩国安全部门的追捕，一番激烈枪战过后宋志元等侥幸逃脱，但他被上级认为有叛变之心而从此弃用。另一方面，行动的失败导致韩国一方的行动队长李仁奎（宋康昊 饰）遭到革职处分，他只得开设侦探所，靠收钱追踪逃跑的越南新娘养家糊口。不久，金正日和金大中实现历史性的会见，朝韩双方局势缓和。六年后，李仁奎在某个越南人工厂偶遇宋志元，他希望抓住志元及神秘的影子赚大钱，而志元也想利用仁奎洗脱自己叛变的罪名。两人别有用心住在了同一屋檐下，随着了解的加深，他们的想法渐渐发生改变……

庄田力弥40歳、現在原子力機構にたずさわる研究職員。彼は日常の平和な、根無し草のような頼りなく漂っている時間に生きている。それがある日付のときから、破滅の道を選ばざるをえなくなる。庄田の妻夏那子が見知らぬ少女を誘拐したのである。それは奇妙な事件だった。得体のしれない闖入者のように、少女の方から彼らの家庭に入りこんできたのである。妻は少女が力弥の過去となんらかの関係があると信じ、またそれを裏づけるように力弥の昔の友人田屋が登場する。たしかに力弥には隠された暗黒の時代があった。戦後日本の前衛党が非合法化された時代、大学生であった力弥はその細胞の末端にあって、当時計画されたアメリカ大使誘拐事件に加わったメンバーだった。だが事実は前衛党の挑発行為であったことが暴露され、裏切られた力弥たちはその重い過去を背負ったまま沈黙したのだった。妻が誘拐した見知らぬ少女の背後にかつてのメンバーであり、あの事件以来海外に姿を消していた友人田屋の帰国。それらの暗示は力弥にあのいまわしい過去が現在にも影をおとしていることを教え、戦慄させるのだった。そしてその不安は現実に起る。力弥は脅迫された。だがその相手は彼のまったく知らない若い娘でありその背後にあるものは反戦グループと自称する組織だった。そして彼らの計画しているものはアメリカ大使誘拐であり、庄田夫妻の少女誘拐を理由に、彼等への協力を強いられたのだ。二十年近い時間をへだてて、偶然まったく相似したアメリカ大使誘拐計画の全貌。力弥は思わず幻惑の淵に溺れた。