故事发生在20世纪的中国南方，南洋华侨李芸（沈力子 饰）刚刚失去了自己的父亲，悲痛万分的她回到了老家，去完成父亲的遗愿——接姐姐华青（曲雁 饰）去南洋一起生活。李芸的母亲在她很小的时候就去世了，父亲娶了第二任妻子，李芸也就有了一个没有血缘关系的姐姐华青，哪知道父亲这个禽兽竟然爱上了自己的养女，导致自己的第二任妻子在绝望之中坠楼而死。实际上，华青早已经死了，死在了色魔汤医生（何政军 饰）的手上。为了掩盖自己所犯下的罪行，汤医生找来了和华青样貌相似的妓女来顶替，企图通过这种手段夺得李家的财产。

影片改编自同名漫画，原著漫画讲述一个神秘的跟踪者名叫“缄默”，他似乎打算从远处暗杀蝙蝠侠。故事中有许多客串角色，其中包含了大量的蝙蝠侠反派，还有多位蝙蝠家族的成员以及和蝙蝠侠的老战友，超人。它还探索了蝙蝠侠和猫女之间的暧昧情愫。

公安人员朝鲁和助手刘小克奉命到内蒙古草原的诺敏塔拉牧场，重新审理发生在一年前的3万元现金失盗案。当时重点怀疑对象李莉已经精神失常，而另一个怀疑对象陈明清也突然在太原旅馆服毒身亡。朝鲁与牧场保卫科长白云等人急赴太原现场，于现场发现有另一人的行迹。据旅馆服务员讲，陈明清被害的当天晚上曾有人来电话找他。朝鲁分析，打电话的人很可能就是出现在现场并投毒的另一人。在朝鲁等人来到现场调查的过程中，始终有一个形迹可疑的怪老头，时时探听破案的情况。究竟是谁在那天晚上去了太原旅馆？又是谁打的电话？围绕这个问题，朝鲁暗中调查了牧场几个人后，发现疑点集中在林菁菁身上。而这个林菁菁又正是他插队时的女友林志红。朝鲁抑制住了个人的情感，四处调查林在那天晚上的行踪，结果证明林当时正坐在由北京开往哈尔滨的列车上，排除了林出现在太原旅馆现场的可能。朝鲁感到宽慰的同时，又为线索中断所困惑。正在此时，有人反映牧场里曾被劳改过的伊德尔在这期间曾几次出现在太原旅馆附近街头，经调查证明现场的痕迹正是此人留下的，此人又与被害者的妻子于冬梅过从甚密。朝鲁反复做于的工作，终于摸到伊德尔的行踪，他正要寻找伊，却在一个漆黑的夜晚意外地被人暗中击晕在太原街头。白云及时赶到，将朝鲁送入医院。当于冬梅交待伊德尔的住处后，伊却被怪老头拉走，消失得无影无踪。朝鲁出院后又对于冬梅做了大量工作，并从她那儿了解到分伊并不是凶手，陈曾在被害的那天下午，在太原一家餐馆与一女人共餐。这使朝鲁又重新想起了林菁菁。为什么她要留下几张能证明她在从北京到哈尔滨列车上的照片？朝鲁又重新沿着林出走的线路调查，终于找到了证明林就是凶手的第五张照片。这时伊的失踪引起白云的不安。一日，他突然收到怪老头的信，信中声称伊德尔在他手中，可以付重金交换。白云终于上当，露出原形，原来他正是这一盗窃案的主谋。他先后利诱威胁占有了林菁菁，并借林的手杀了陈明清。见事已败露，他决定取出赃物外逃，万万没想到怪老头步步紧跟，在他挖取赃物时及时赶到。原来这怪老头就是太原公安局暗中协助破案的老侦察员。公安人员将白云、林菁菁抓获归案。朝鲁目送林菁菁被押上警车，陷入深思之中。

1967年，山景酒店发生灭门惨案，欧炳同因怀疑妻子有外遇，将其杀死后又与三岁儿子吞老鼠药自杀，三人的死状极其恐怖，房间的墙壁上写有“愿此刻永留”五个血字，留声机里正在重复播放“愿此刻永留”一曲。1999年，印刷业电脑专家马文信（刘青云）下班后被神秘匪徒绑架，但家人及其女友傅骞人（郭蔼明）均没收到任何勒索电话。两天后警察阿 Pit（梁家辉）在马文信座驾中发现神秘血渍，跟踪发现马文信被倒吊在山景酒店发生灭门惨案的那间房里，且浑身布满伤痕。自此，马文信像被欧炳同的鬼魂附体一般，不光终日对傅骞人疑神疑鬼，还时常对其目露凶光。