某日，东京一处房屋失火，房屋主人小林雅文（村木仁 饰）生不见人，死不见尸。小林是一名怪奇作家，他经常到传言闹鬼的地方体验采访，著书立作，同时还是一名电台灵异节目的主持人。他的失踪引起人们广泛猜测，而其留下的DV素材则称为寻找其下落的关键所在。录像带中，小林曾拜访过一位家庭主妇，主妇声称在隔壁经常能够听到婴儿的哭声，而那户人家根本没有小孩。在采访结束后不久，主妇遭遇车祸身亡。小林坚信这起事故背后另有隐情，他由此展开更为深入的调查。然而调查越深入，离奇诡异的事件越来越多，而恐怖的真相也渐渐浮出水面……

台北年輕人阿達，一心想學習中國傳統功夫"輕功"，他每天時間花在跳躍、腳上綁著鐵砂袋。老毛是台北公園裡一位老先生，他每天在公園裡向一群練功夫年輕人敘述一些傳奇的故事關於"紅蓮會"。"紅蓮會"是一個秘密組織，七個學成輕功的高人在一九四九年來到台灣之後，為政府從事一些秘密任務。據說有三位還活著，但是大家都找不到，因為他們永遠不會展露自己的功夫。這些傳奇的故事，穿梭在阿達的生活中，阿達在台北大都會裡不斷尋找能夠教他輕功的老師。他先後遇見的老師包括一個菜市場的工友，一位盲人按摩師，以及一位美麗的企業家。在阿達追尋的過程中，親近他的人出現、失蹤，又再出現。秘密修行的線索充滿在他生活當中。阿達的堅持，讓他進入一個既神秘又平凡的世界，蘊育出豐富的文化涵意。

罗丽拉（玛丽莲·梦露 Marilyn Monroe 饰）和桃乐西（简·拉塞尔 Jane Russell 饰）是舞台上的好搭档，生活中的好伙伴。艳光四射的两人走在一起，吸引了无数男人的目光，然而，她们并非空有一副好皮囊，论智商，罗丽拉和桃乐西可不输给任何人。某日，罗丽拉登上了驶往法国的轮船，前去和情人艾仕文（埃利奥特·里德 Elliott Reid 饰）结婚，在船上，两人遇见了一名为古斯（托米·努南 Tommy Noonan 饰）的男子。原来，古斯是艾仕文父亲派来的私家侦探，为的是考验罗丽拉对自己儿子的真心。随着时间的推移，桃乐西竟然慢慢爱上了善良的古斯，但罗丽拉很显然帮自己的好闺蜜相中了另一位“金龟婿”。

ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。