故事发生在1964年的6月，一辆载有三位民权主义者的车辆被三K党所劫持，之后一行人音信全无。鲁帕特（吉恩·哈克曼 Gene Hackman 饰）和艾伦（威廉·达福 Willem Dafoe 饰）是两帮调查局的探员，他们被指派调查这起恶劣的事件，然而，当两人到达小镇开始调查时，却发现他们的工作遭遇了重重的困难，没有人愿意相信他们，更没有人能够提供有价值的线索。皮尔（布拉德·道里夫 Brad Dourif 饰）是小镇的副镇长，同时亦是一名坚定的三K党成员，个性粗暴邪恶的他常常将软弱温和的妻子（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 饰）揍得遍体鳞伤。鲁帕特十分同情皮尔妻子的遭遇，随着时间的推移，皮尔的妻子渐渐对鲁帕特产生了感情，这让鲁帕特和艾伦看到了案件的突破口。

杉虎之助は御家人の総領として生まれたが、十四歳の時に家出、池本茂兵衛に捨われ、無外流に似た実戦的な剣術使いとなった。八年後、江戸に戻った虎之助は屈強の勤番侍にからまれている叔父の旗本・山口金五郎を偶然救ってやる。その時の、侍数人を川の中に叩き込んだ虎之助の早業に、幼年時代、虎之助の親代りだった金五郎は目を見張った。またもう一人虎之助の働きに瞠目した青年武士がいた。門弟千余人をかかえる江戸屈指の心形刀流伊庭道場の後継ぎ、伊庭八郎である。時に、国中は勤王、佐幕の抗争が続き、京都では近藤勇、沖田総司ら新選組が池田屋騒動で勤王の志士を大量殺戮した頃である。虎之助の腕を見込んだ八郎は、自分の友人が隊長をしている洛中見廻り組に力を借してくれ、と熱心に口説いた。その夜、虎之助は恩師茂兵衛の使いの僧から、礼子という女を連れて京都に来いとの伝言を受けた。品川宿で会った礼子は男装の美女だった。道中、箱根で二人は薩摩藩々士に襲われるが、虎之助は全員斬り伏せる。以来、若い二人の間に愛情が芽生えた。京の町は騒然としていた。その中で虎之助の目を惹く使い手がいた。薩摩の中村半次郎である。その攻撃一途の示現流も迫力があったが、半次郎の情婦の法秀尼という尼僧は、虎之助が江戸にいる時、やくざの手から救ったお秀だったのだ。数日後、虎之助は乞食に身をやつした茂兵衛と再会した。茂兵衛は、自分は幕府の密偵で薩摩藩を探索する身であることを明かし、「お前だけは今の時の流れに巻き込まれず、次の世の中を見つめてくれ」と諭すのだった。礼子も親の代からの公儀隠密で、女ながらに幕府の為に身を挺してきた礼子の話を聞き、虎之助の血は騒いだ。やがて、上洛して来た八郎にすすめられて見廻り組に参加した虎之助は、副隊長格として勤皇の士を斬りまくった。杉虎の異名は京の都にとどろくが、心は空虚感にうちひしがられる日々だった。祇園祭の夜、茂兵衛が薩摩藩士に襲われ死んだ。仇、東郷直二を斬った虎之助に対する茂兵衛のいまわの言葉は「礼子と共に江戸へ帰れ、無駄死するな」だった。鳥羽伏見の戦いで、八郎、沖田総司ら幕軍は、半次郎らの官軍に破れた。その頃虎之助は、師茂兵衛の遺志を守り、礼子と二人で江戸で愛の日を送っていた。京から逃れて来た沖田総司が胸の病で死んだ。数日後、八郎が虎之助を訪れ、上野の彰義隊に加わり幕臣として最後の一戦を交えよう、と誘った。虎之助は断ったが、それは上野で斬り死にするより辛いことだった。上野の戦いは幕臣側の惨敗に終った。虎之助と、八郎の義妹で八郎とは相思相愛のつやが、上野の山に八郎を求めて彷徨うが生死不明だった。数日後、彰義隊の残党狩りでごった返す町中で、虎之助は片腕を失った八郎を発見した。八郎は虎之助に、柳生新陰流--本心流を受け継ぐ、心形刀流の奥儀である二十四の組太刀を伝えた後、再起をはかるのだ、と函館へ去った。そんなある日、残党狩りを続ける薩摩藩士村田以喜蔵が、虎之助の留守を襲い礼子を惨殺した。怒り狂った虎之助は、官軍の一隊を襲い、以喜蔵を斬った。明治六年。虎之助のところへ桐野利秋と名を替え陸軍少将となった半次郎が、遊びに来るようになった。全てが恩讐の彼方に流れ、二人の間に友情が復活したかのように見えたが、茂兵衛殺害の真犯人が実は半次郎であった、と知った虎之助は、西南戦争勃発で、鹿児島にいる西郷隆盛に従った半次郎を追って、鹿児島へ向かった。殺気をはらんで二人は対決したが、西郷の仲裁と、互いの憎悪が自然に消えていたこともあって、どちらからともなく刀を捨てた。西南戦争は終った。東京のとある橋の上で、流れる川を眺める虎之助の耳に号外の鈴の音--号外には西郷が自刃、半次郎戦死、との記があった。

美丽的女大学生许晓萌（赵冉饰）和男朋友江可可（刘科饰）在大学毕业后，一起报名来到边远山村“水咕噜”小学支教。操着一口当地方言的罗老师（吴军饰）憨厚朴实，大山里的孩子们可爱活泼，这些都给他俩的生活带来了无尽的欢笑。可习惯生活在大城市里的两人初到山村各种不适，三个月的时间对于两人都充满着挑战。三个月的时间飞快，回城后，一天村长找到许晓萌，告诉她罗老师因为修教室到山上背泥而遭遇泥石流。罗老师去世的消息深深地触动了她。此时的许晓萌已下定决心，回到山村支教，代替罗老师继续他未完成的心愿。

在敦煌莫高窟，保存着古代无数不知姓氏艺术家的手绘珍品，本动画片所讲述的，是其中一个古老而优美的故事画赞。看到波斯商人在荒无人烟的戈壁滩上迷路时，九色鹿为他们指点了方向，花喜鹊得知此事后，埋怨九色鹿做事草率，它担心手拿刀枪的波斯商人会把九色鹿的故事说出去。不久，九色鹿救下落水的弄蛇人，告诉他不要将看到自己的事情说出去，弄蛇人对天发誓会保守秘密。波斯商人拜见国王时，果然如花喜鹊所担心的，讲了他们在荒漠中的奇遇，王后听到，执意要用九色鹿的鹿皮做衣裳，其后，国王张贴布告，说捕到九色鹿者封官重赏。弄蛇人犹豫一番，见利忘义向国王高密，在遍地寻不着九色鹿的情况下他假装落水，九色鹿闻声赶来。