正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

某日，已是一名股票交易员的榊信一（贺来贤人 饰）与青梅竹马的前女友山口澄乃（莲佛美沙子 饰）和学生时代一起做志愿者活动的旧友们再次相遇。如今过着奢华生活的榊羡煞旁人，但不为人所知的是，此时的他正处在极为艰难的人生交叉路口。实际上，榊已身患重病且时日无多，因此他暗自下定决心要释放出内心的“杀人冲动”。次日，一位名叫冈本真纪的年轻女子的尸体被人发现。警视厅搜查一课刑警苍井凌（吉田钢太郎 饰）和片区刑警矢部知树（中尾明庆 饰）共同展开了搜查。苍井3年前旧病复发却一直没有对外公开，忍受着病痛的他仍旧坚持查案。然而，苍井的病情很快就发生了恶化，到了危及生命的地步。面临死神威胁的苍井，决心赌上性命也要揪出真凶。另一方面，得知榊命不久矣的澄乃决定再次回到他的身边。澄乃的存在让榊感受到了温暖，但即便是他自己也无法遏制住内心这股难以名状的杀人冲动，于是他又开始了作案……与此同时，又一位女性的遗体被人发现。通过监控录像追踪真纪生前行踪的苍井意外发现了一名带着墨镜的男子曾向真纪搭话。苍井从男子的行动中发现此人听力存在障碍。抓住了这一线索的苍井开始为收集目击证言而四处奔走。但就在这一过程中，他的身体承受不住而失去意识被送到了医院。得知父亲入院消息的苍井瑞希（山谷花纯 饰）急忙赶往医院。然而她没有想到的是，榊也正在悄然接近她……

1942年的冀中平原、日本宪兵汉奸、伪警察等数百人包围了东王庄，敌人架起机枪疯狂扫射，横尸遍野、惨不忍睹。闻讯赶来的武工队员们按捺不住心中的怒火，纷纷向队长魏强请战，为乡亲们报仇。魏强率领武工队化装成伪警察进城，巧妙地活捉了中闾镇伪警察所所长哈巴狗，并将其带回东王庄准备公审。趁人们欢庆中，哈巴狗跑回保定城，向夜袭队长刘魁胜报告，却见刘魁胜正在调戏自己的老婆小红云。哈巴狗给刘魁胜一个嘴巴，刘魁胜反咬一口，诬哈巴狗私通武工队。为了保住命，哈巴狗只好把老婆让给了刘魁胜。保定南关火车战长小本次郎也对哈巴狗老婆小红云垂涎三尺，他派段长万长顺去请小红云到站上说书，小红云不肯屈服，用剪刀割腕自杀身亡。刘魁胜对日本人敢怒而不敢言，魏强利用他们的矛盾，夜袭车站将小本次郎和段长万长顺杀死。松田将他们的死归咎于刘魁胜，杀死了他，并命哈巴狗任夜袭队长。最后武工队扫平了侵袭队，击毙了哈巴狗，又炸毁了宪兵队总部为乡亲们报了仇，大长了人民抗日的士气。

一群是张牙舞爪的悍匪，一队是英姿飒爽的娘子军，一个身手不凡的独行客，构成了探宝的铁三角。娘子军为了护宝而追击土匪，土匪给娘子军设下了陷阱，独行客的介入，使得剧情更添曲折。