郁郁葱葱的小树林中，六个天真无邪同时又各怀心事的男孩女孩快乐玩耍。直到某天，有着天使般可爱面容的“面码”本间芽衣子（谷花音 饰）意外身亡，在其他朋友的心田投射了永远无法磨灭的阴影。许多年后，好友们渐行渐远，而为当年事件深感自责的宿海仁太（村上虹郎 饰）则将自己深锁家中。不知为何，仁太突然看到了长大后的面码（滨边美波 饰）的身影，他将此事告诉了偶然见到的久川铁道（高畑裕太 饰），铁道无比兴奋，连忙将松雪集（志尊淳 饰）、安城鸣子（松井爱莉 饰）、鹤见知利子（饭丰万理江 饰）等其他朋友召集在一起，以找出面码尚未实现的心愿。但心中满布创痕的朋友们，能否重新携手上路呢？本片根据同名动画改编。

电影由乔治·米勒、乔·丹特、约翰·兰迪斯和史蒂文·斯皮尔伯格四位导演所拍摄的四部短片所组成。某一天，种族歧视者比尔（维克·莫罗 Vic Morrow 饰）乘坐着时光旅行机回到了过去，可是，在那里等着他的，却是被歧视和侮辱的可怕命运。没有人知道布鲁先生（斯加特克罗索斯 Scatman Crothers 饰）从哪里来，他又有着怎样的过去，人们只知道，这个神秘的男人拥有能够让人返老还童的奇妙魔力。海伦（凯瑟琳·奎南 Kathleen Quinlan 饰）遇见了名叫安东尼（Jeremy Licht 饰）的男孩，在他平凡的外表下面，隐藏了一个惊人又残酷的秘密。没有人相信神经兮兮的瓦伦汀（约翰·利特高 John Lithgow 饰）的所言所语，因为他竟然声称一只巨大的怪兽出现在了半空中将一架飞机撕成两半，然而他的话真的只是胡言乱语吗？

故事发生在1964年的6月，一辆载有三位民权主义者的车辆被三K党所劫持，之后一行人音信全无。鲁帕特（吉恩·哈克曼 Gene Hackman 饰）和艾伦（威廉·达福 Willem Dafoe 饰）是两帮调查局的探员，他们被指派调查这起恶劣的事件，然而，当两人到达小镇开始调查时，却发现他们的工作遭遇了重重的困难，没有人愿意相信他们，更没有人能够提供有价值的线索。皮尔（布拉德·道里夫 Brad Dourif 饰）是小镇的副镇长，同时亦是一名坚定的三K党成员，个性粗暴邪恶的他常常将软弱温和的妻子（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 饰）揍得遍体鳞伤。鲁帕特十分同情皮尔妻子的遭遇，随着时间的推移，皮尔的妻子渐渐对鲁帕特产生了感情，这让鲁帕特和艾伦看到了案件的突破口。

21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。