北方某个美丽的小山村被财主胡刮皮霸占着，他对小长工小虎子非常苛刻，动不动就打骂。某日，他嫌刚挑完水的小虎子干活偷工减料，规定他挑满十大缸水方能睡觉，小虎子挑了将近一夜，仍没将活干完，可是在看到井边有个身穿红布兜的小兄弟（人参娃）想喝水时，他还是停下手里的活帮起他的忙来。小虎子磨豆子时，因为实在太困睡着了，隔壁正在睡觉的胡刮皮听到磨盘不再发出声音，起床蹑手蹑脚走到小虎子面前就是一顿毒打。小虎子最后虽然逃了出来，身上却已满是伤痕。这时，他的小兄弟又出现了，当得知小虎子长期被胡刮皮毒打的原因时，人参娃给了他一棵顶级人参要他还债。胡刮皮看到人参双眼放光，一心想把人参娃抓住献给皇帝好做大官。

故事发生在1996年12月31日，平日里冷酷无情的王帮办（王敏德 饰）在一次危险的任务之中误杀了一名人质，一时间，执法者沦为犯罪者，昔日里吃过他苦头的下属们纷纷伺机报复。长腰（林晓峰 饰）是初出茅庐的菜鸟警员，于执勤之中打死了一名小混混，起初，长腰深信自己系为民除害，沾沾自喜，然而，当他见到了小混混的亲人之后，后悔的心绪在他的内心蔓延。夺命甘（郑则仕 饰）为警队辛勤工作多年，却发现自己的妻子竟然和上司（毛俊辉 饰）有奸情，愤怒至极的他起了杀意。在除夕舞会上，夺命甘手持重型机枪挟持了众多警员，他的昔日同事兼好友王帮办和长腰被派出同夺命甘谈判。

日本昭和四十六年六月的一天清晨，东京蒲田发生了一起杀人案。被害者是一位六十来岁的老人，被人用钝器击伤头部致命，但凶手却制造了一个被火车压死的假象。根据被害人曾经到过的罗恩酒吧的女招待说，被害人曾同一个年青人一起来过这里，年青人讲话带着浓重的东北口音。综合诸多线索，警察吉村和今西将嫌疑犯锁定为年轻的音乐家和贺英良。在死者家属的认领下，被害人的身份终于弄明白了：他叫三木谦一，过去曾是岛根县的一名警察，退职后回江见老家做生意，数天前离家，说是去伊势参拜神社，一去就再也没有回来。吉村和今西赶到三木谦一当年任职的地方龟嵩深入侦查，找到了与三木关系密切的桐原老人，又查阅了龟嵩村史，得到的材料是：三木心地善良，人缘极好，老伴过早去世，没有留下孩子。在职期间，他曾遇到过父子两个乞丐，并收养了那个乞丐的儿子，而那乞丐的原籍是石川县江上郡。今西又按桐原老人提供的地址来到了乞丐父子的家乡石川县江上郡大畑村。调查得知，那男的叫本浦千代吉，妻子与他离异而去，孩子叫本浦秀夫，由千代吉抚养长大，二十年前父子俩离村后就再也没有回来过。吉村和今西在随后调查和贺英良的户籍时发现，战时的户籍已经毁于战火，现有的这份不过是他乘战后重新登记的机会编造出来的。从副册提供的材料，又查出他的本名叫本浦秀夫，父亲叫本浦千代吉，母亲叫阿房，与三木收养的乞丐是同一个人。原来当年本浦秀夫和父亲都得了可怕的麻风病，为了生活，父子俩外出流浪。他们白天乞讨，夜宿祠庙，饥寒交迫，受尽了人世间的凌辱，度过了一年又一年。一次他们到了一个村口贴着禁止乞丐入内的布告牌的村子，千代吉苦苦哀求允许入村，巡警不仅不肯，还把他猛地一下推开。到了昭和十八年八月，当地派出所不断接到地里东西被窃的报告，警官三木谦一根据报告的线索找到了这父子乞丐。好心的他不仅没有把他们赶走，还把千代吉妥善安排到国立疗养院，又把本浦秀夫领作了自己的养子。但不知什么原因，昭和十九年底，秀夫又到大阪当了和贺自行车铺的小伙计，从而伪造户籍，后来，他经过发愤苦学，读了高中，又去东京读了艺术大学，从而青云直上，变成了和贺英良……案发前，三木谦一正在为重新找到自己的养子而兴奋不已，他想找到和贺英良，让他去国立疗养院见自己的亲生父亲，可和贺英良却因为怕暴露了和麻风病父亲的关系会毁掉他的名誉和前程，于是残忍地杀死了养父三木。

叶湘伦（周杰伦 饰）是淡江艺术高中的一名插班生，父亲（黄秋生 饰）是该校的一名教师。这天同学晴依（曾恺玹 饰）带他参观学校，接着他独自来到了学校的旧琴房，本身弹得一首好曲的他被某处传来的一首钢琴曲吸引住了。他来到其中一间旧琴房，遇到了路小雨（桂纶镁 饰），纯纯的爱情故事由此发生了。一直以来，叶湘伦都觉得小雨充满了神秘，却无法进一步了解她。叶湘伦约小雨到琴房见面，叶湘伦以为晴依是小雨，跟晴依接吻时被小雨看到，自此之后叶湘伦就没有再看到小雨。叶湘伦到处寻找小雨，发现了那个小雨所说“不能说的秘密”的全部真相。