“黑蛇”（乌玛?瑟曼 Uma Thurman 饰）继续上一集未完的复仇之旅。探听得知，前比尔的贴身保镖“响尾蛇”洗手不干后住在得克萨斯州的奥斯汀。当她晚上悄悄溜到“响尾蛇”住的拖车上时，却中了埋伏，被“响尾蛇”用枪击中胸部并被麻醉了。“响尾蛇”将“黑蛇”装到棺材里填埋 了。此时，“黑蛇”苏醒过来，运用她的师傅白眉老道所传授的功夫从棺材里脱身。当她回到“响尾蛇”所住的拖车时，发现“响尾蛇”和另一个追杀目标“加利福尼亚蛇”正在交易她随身携带的宝刀。打斗中，“加利福尼亚蛇”放出的巴曼蛇咬死了“响尾蛇”。“黑蛇”终于见到比尔了，并揭开了自己满门被杀的真相。

ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

游荡在东京涉谷街头的19岁女孩路易（吉高由里子 饰）对生活充满绝望，某日她在迪斯科中邂逅朋克青年阿玛（高良健吾 饰）。阿玛穿钉打孔、纹身分舌，造型时尚前卫。在阿玛的介绍下，路易对蛇舌颇感兴趣。他们一同来到纹身师阿柴（ARATA 饰）的小店，穿钉和纹身的痛楚让路易体验到前所未有的快感，而双性恋且有着虐待欲的阿柴也被眼前这个娇小的女子迷住。和冷峻的甚至有些阴森的阿柴不同，阿玛外表恐怖，而内心温柔。他深爱路易，甚至为了心爱的女人和黑社会分子大打出手，这却为他的悲剧埋下了伏笔……

本片改编自平库waka的同名漫画，26岁的椎野智世从电视新闻中得知好友真理子去世的消息，真理子从学生时代开始就受到父亲的虐待，小椎决定为真理子做点什么。为了拯救真理子的灵魂，小椎决定夺走她的骨灰，展开一次特别的旅行。