洛北蓮台寺野で、名門京八流の宗家吉岡の御曹子清十郎の左肩を一撃のもとに打ち砕いた武蔵は、清十郎の弟伝七郎から仇敵とされ、吉岡道場門弟一同から居所を探られる破目となった。武蔵を探しているのは彼等ばかりではない。佐々木小次郎に追われる朱実、お杉婆ア、病床にふけるお通と、城太郎少年も武蔵の行方を追っていた。或る日、光悦にさそわれ遊廓扇屋に上る途中、伝七郎から果し状をつきつけられた。場所は蓮華王院三十三間堂、雪の中武蔵は伝七郎と相対した。青眼と青眼、二本の刀がひらめいた瞬間、武蔵は伝七郎と吉岡の門弟を薙ぎ倒していた。秘かに扇屋に戻った武蔵を吉野太夫はやさしくさとすのだった。翌朝、お通の居場所を知った武蔵は総門附近で吉岡一味にかこまれた。が突如佐々木小次郎が現われ、武蔵との決闘を決めた。明後日の朝、寅の下刻、場所は叡山道、一乗寺の麓薮之卿下り松、そして名目人は壬生源左衛門の一子源次郎を立てることに一決した。高札を見た群衆がひしめき、お杉婆アは息子又八の弔合戦といきみ合った。やがて当日、武蔵が叡山道にかかった時、病身のお通に会った。武蔵が斬り死にすれば自分も生きてはいないつもりというお通の言葉に、剣に生涯をかけた武芸者武蔵の心に、お通に対する恋慕がよぎった。一足先きに着いた武蔵は、松を中心に地形の頂点に立った。やがて吉岩方の姿が現われた。「七十三対一」瞬間、武蔵は相手方の配置を読み、地形を利用した自分の行動をきめた。「しかし勝負は何できめる、敵はおれ一人が目的、その俺の目標は、そうだ本陣だッ、総大将だッ」武蔵の見取図は源次郎少年を中心にひかれた--白鉢巻の間の手裏剣、大小の二刀流の体ごと、下り松に向い疾風逆落しと見事、剣は風を切った。

一夕间被双亲抛弃的亚云，住进阿嬷跟朋友分租的公寓，开始在阿嬷经营的地下赌场帮忙，各怀鬼胎的赌徒公寓里唯一和亚云亲近的同辈——佳嘉，引诱亚云联手诈赌以赚取生活费，欲望与罪恶的拉扯让亚云不知如何选择。

SWORD地区的"O"，通称"漆黑的凶恶高中"鬼邪高校。那里分为定时制和全日制，定时制的番长·村山良树(山田裕贵饰)成为支撑着鬼邪高校的头。转学进入鬼邪高校的全日制新生，花冈枫士雄(川村壱马饰)，为了有朝一日能向村山挑战，下定决心夺取全日制的天下。全日制由实力上处于领先 地位的轰（前田公辉饰）和芝（龙饰）、辻（铃木昂秀饰）轰一派、统领两年级的中越（神尾枫珠饰）和一年之隔的中冈（中岛健饰）率领的中冈一派、以残暴的战斗方式闻名的泰志（佐藤流司饰）、清史）率领的泰·清一派、和枫士雄曾经住在同一个地区的司（吉野北人）和其手下的果酱男（福山康平）统领的司一派等新一世代各个派迎来了争夺霸权的一大战国时代。在SWORD地区的邻镇·户亚留市，除了干部以外全员光头的最强军团，凤仙学园的势力在逐渐增强。在过去被誉为最强凤仙，以头目·上田佐智雄（志尊淳饰）为首，小田島有剑（盐野瑛久饰），泽村正次（葵扬饰），仁川英明（小柳心饰），志田健三（荒井敦史饰）的四个人组成的凤仙四大天王，干部沙巴干（坂口涼太郎饰）们，集齐了最强的阵容。这个时候，凤仙的学生突然遭到自称鬼邪高的人的袭击，同时鬼邪高的学生也遭到了自称凤仙的人的袭击。以同伴被袭击这一原因为契机，两校互相敌对，杀气腾腾。以枫士雄为首的个性派汇聚一堂，拥有压倒性力量的鬼邪高校，以佐智雄为首组织化的凤仙学园，在黄昏的河滩上相互碰撞的顶峰之间，决战拉开帷幕。

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……