父亲经营着一家皮艺店，母亲则在工厂负责皮包的设计和制作，他们对这门生意倾注了极大的感情和心力，却仍是经营惨淡，债主会不期而至。父亲决定以全店皮具五折的方式促销，起初似乎还挺有效，慢慢地作用却不再明显。母亲开始责怪父亲的经营方式和能力，平时在别处总是有一套套道理的父亲，此时却无言以对，懊恼地抽自己的嘴巴。家里家外的波折低落总是会过去，父亲和母亲还是满心祈愿：从明天，也许就能慢慢好起来吧。平淡甚至细碎的生活细节缓缓铺展：父亲想尽一切办法希望女儿长高，母女为店里收成不错的一天鼓掌欢呼，狭窄的过道里女儿为新的皮包充当模特……生活似乎总是艰难局促，而三个人的家庭里，一种难以名状的情感，却在这个过程里捉紧人们的呼吸。

依靠遗产过活的学者野渊（森雅之 饰）和妻子静（新珠三千代 饰）在东京一隅过着平静的生活。夫妻俩结合已有13个年头，虽然相敬如宾、恩爱忠贞，但他们之间似乎存在着某种隔阂。偶然与野渊相识的大学生日置（安井昌二 饰）渐渐感知到这份不协调的气氛，在好奇心的驱使下，他试图寻找其中的原因。经过一段时间的交往，野渊渐渐信任起这个有着纯真、好奇眼神的青年。在明治天皇驾崩之际，他终于鼓起勇气，向日置讲述深藏心中多年的秘密……本片根据夏目漱石同名原著改编。

玛雅文明末期，奢华淫靡之气蔓延，为了祭奠那些刚刚落成的金字塔以及驱散众神的愤怒，玛雅王国派出强悍的军队入侵丛林深处的弱小部落，将战俘作为祭天的牺牲斩杀。年轻骁勇的战士虎爪（Rudy Youngblood 饰）和族人过着平静的生活，他有可爱的儿子和美丽的妻子，并且不久将迎来新的生命。但玛雅军队打破了这一切，他的部落遭到袭击，虎爪及时将妻儿藏在深坑之中，自己却不慎被俘。经过一路坎坷，他和其他战俘来到玛雅城。无数头颅被可耻的刽子手斩落，但即便在这个时刻，虎爪也念念不忘丛林深处的妻儿。只要一息尚存，他无论如何也要回到妻儿的身边……

ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。