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奸商杜济仁（刘克宣饰）诬陷范田笙（吴楚帆饰）卖假药，害范坐了十年冤狱。范逃狱时在农村孤儿子王复群（李小龙、张活游分饰）的帮助下，侥幸得以逃离追捕。后来范得知王就是自己的儿子，便到省城打工并以轶名供王出城学医。王蒙在鼓里，一直误以为杜是赠款人，出于感恩之心，王毕业后就去帮杜造药。杜一直怀疑王就是范的儿子，遂故技重施，以多年前诬陷范的方法复施于王身，以迫范现身……

老人想让儿子靠骑摩托车载客来赚点外快补贴家用，然而，贫穷的一家人根本就拿不出买摩托车的钱来。东拼西凑之后，老人用家中最后一头小黄牛作为抵押终于换得了摩托车，半年之内他必须用钱赎回小黄牛，不然小黄牛就将命不久矣。然而，摩托车载客的生意并不好做。一次偶然中，儿子结识了名叫“三妹”的被拐女子，和三妹一样被拐无法和亲人团聚的还有数十人，三妹希望能够攒钱把孩子接回到身边，过上平静正常的生活。三妹和她的表哥找到了儿子，几番说服，儿子终于同意和他们一起贩起了冰毒。一次交易中，三妹被抓，儿子侥幸逃脱，为了放松紧张的心情，他开始尝试吸毒，并最终因此而发疯。

青年司机安得乐接受了跑江南运蜜蜂的美差。货主是黄河北岸一个小山村里的姑娘槐花和她的叔婶。在大雁南飞的金秋季节，一辆黄河大卡车，载着蜂箱南下赶花。在数千里的途中，发生了许多意想不到的事。当蜂箱在村口装车的当儿，安得乐交给槐花叔一只大塑料桶，请他灌满蜜，槐花淑哭笑不得，只好推说塑料桶盛蜜不卫生，安得乐心中不快，一路上变着法儿告诉槐花一家人放聪明些，否则车会不听话的。途经小小饭店，槐花一家拿出一块钱来招待安得乐，在安得乐眼中，这一家人简直抠门儿到了极点。这时他收了一条过滤嘴香烟，同意一采购员搭车。当车拐进失修的公路时，车陷前轮，酿成了一场损车折蜂的事故。夜过悦来店，安得乐主动设宴，一来是为了挽回一点影响，二来是为了显示自己的大方，让槐花这家人开开眼界。酒过三巡，安得乐得意之极，当众嘲弄这个山村姑娘，槐花忍无可忍，和安得乐争论起来，宴席不欢而散。第二天路遇螃蟹贩子，安得乐原想得点儿外快，不料反被偷走钱包，轮胎也被扎坏，汽车无法开走，真是狼狈之极。聪明的槐花姑娘一声不吭地找到一片盛开的野花，她告诉安得乐有了花就有了蜜，卖了蜜就有钱补胎了，安得乐悬着的心才算放下来。安得乐想赶路，却被前面一辆慢车挡住，一急之下，他用柿子砸了驾驶这辆车的小司机，导致又一场风波。还是槐花姑娘帮助他解了围。雨中，小司机的车后轮陷入泥坑，安得乐冒雨相帮。因淋雨过久，安得乐病倒了。病中，他受到槐花一家细心照料。闲谈中，他才知道这家人外出"赶花"的车费还是乡亲们凑的，他的心深深为这家人真挚的感情所打动。安得乐终于把槐花一家送到了江南放蜂地。离别之际，槐花一家竟依依不舍，槐花姑娘把自己在养蜂学习班得到的奖品送给了这个年轻司机作为纪念。勉励要做辛勤的小蜜蜂，为社会酿造甜密的生活；并约定来年槐花盛开的时候再相会。

《行在水上》中的古晋七层楼是导演蔡明亮居住15年的地方。随着故乡的变化，寻着记忆拍摄下来的景、物、人显得格外的寂寞和残败不堪。即使如此，导演仍然认为，那是一段他最美好的年代。