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徳川家光の治下。島原、天草のキリシタン百姓は、キリシタン禁制とその苛酷な政治下に、喘いでいた。藩主松倉勝家の意を受けた代官田中宗甫は、幕府直参多賀主水の督励を背景にキリシタン弾圧に務めていた。名主与三右衛門の息子三蔵の嫁、身重の梅は殺され、助けに行った三蔵は極刑に倒れた。また南蛮渡来の油絵の魅力につかれた絵師右衛門作は、絵のために何度か信仰を裏切り、娘菊は雑兵に犯された。天草の救世主と仰がれるキリシタン青年、天草四郎は、父甚平衛、母マルタ、姉レシイナと共に隠れ家にあり、百姓と共に起ち上る日を待っていた。四郎は武士時代の親友で、恋人桜を譲った岡新兵衛に捕われのキリシタンとの連絡を頼んだ。新兵衛はキリシタンではないが、武士の情けで引き受けるのだった。一方、弾圧にたえかねた名主与三や角蔵らは、四郎の制止をきかず、宗甫勢を襲った。百姓方に、正体不明の浪人群も加わった。それを知った四郎は、決起を決意、城内のキリシタンへの連絡を新兵衛に頼んだ。連日の拷問に苦しむ右衛門作は主水に新兵衛のことを告げた。新兵衛は捕えられた。四郎は新兵衛の妻桜をかくまった。百姓達と浪人群の総勢は島原城攻撃を開始した。主水は新兵衛に、桜と四郎の仲に疑問を抱かせ、四郎を斬ることを条件に新兵衛を放した。新兵衛は四郎に会って総てを了解した。だが、新兵衛は味方の銃で重傷を負った。松倉藩は事の容易ならざるを知って幕府に急報した。幕府は早速十万の大軍を送ることになった。その大軍が来る前に、百姓達は第二回の城攻めを行ったが、オランダの大砲の前に失敗した。浪人群は四郎の母マルタ、姉レシイナを奪って主水に届け、交換に禄にありつこうとするが断わられた。野望に破れた浪人群は百姓達にも見放された。四郎は四万七千名を率い、原の古城に幕府十万の大軍を迎えようとしていた。白地に黒の大十字架旗が、来るべき激戦と神との栄光を暗示してはためいていた。