明朝神宗年间，黑白颠倒，朝纲混乱。刑部尚书郑重（黄正利 饰）图谋不轨，意欲谋反，然苦于兵部尚书刘天和（川原 饰）等贤良震慑，怀恨在心。为清除异己，郑设计派胡龙（李海生 饰）混入刘府，二人过招之时将刘刺杀。随后胡越墙逃跑，而举荐胡龙的朝勇将军萧如风（刘忠良 饰）则被诬为凶手拿下。萧情知中计，趁差人不备夺路而逃，决心捉拿胡龙洗脱罪名。郑重为杀人灭口，广告天下十三省府衙捉拿，并派出功夫与萧不相上下的中军沈乐（王将 饰）一路追踪……

陈大文（梁朝伟 饰）有一名拍拖十年之久的女友（刘锦玲 饰），两人将近结婚。他与好友程仁（梁家辉 饰）、毛周朱（郑丹瑞 饰）住在一起。每个晚上程仁都会带不同女生回家，毛周朱则胆小如鼠，不敢与女性交往。他们三人都面临感情问题。陈大文认识了公关小姐阿cat（柏安妮 饰），因为不敢跟女友坦白，所以选择一脚踏两船。程仁本来有个固定女友惠芳（袁咏仪 饰），容忍了他的风流不羁已久，终于惠芳决定要远嫁美国去。至于毛周朱认识了一位男性朋友（周文健 饰）才发现自己是一名同性恋者。惠芳提出分手，程仁才发现自己一直在乎她。因为程仁一时糊涂亲吻了陈大文的妹妹阿珠（朱茵 饰），大文盛怒与程仁大打出手……饱受感情问题煎熬的众人，有能否有个美满的结果呢？

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

畅销恐怖小说作家萨特·凯恩（尤尔根·普洛斯诺 Jürgen Prochnow 饰）离奇失踪。由他撰写即将出版印刷的一部分小说手稿也随之神秘消失。凯恩身临其境的描写和大胆前瞻的预测，让此书还未出版就享有盛誉。很多粉丝如痴如醉的陷入他的作品之中不能自拔，甚至做出失去理性的暴力行为。为了不耽误出版，出版商找来私家侦探约翰·特伦特（山姆·尼尔 Sam Neill 饰）和女编辑琳达·斯泰尔斯（朱莉·卡门 Julie Carmen 饰）一起追查凯恩的下落。约翰起初并不相信此书的魔力，然而当他和琳达到达凯恩笔下所写的小镇的时候，两人都震惊了。这个小镇真的如同凯恩所描绘的一样，而小说里恐怖诡异的事情也旋即发生。