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21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

巴特（泰尔·谢里丹 Tye Sheridan 饰）是一位性格非常非常内敛的青年，为了治疗自己的自闭症，提高社交能力，巴特在一间酒店里从事着夜班服务员的工作，他最大的兴趣就是从酒店的监控里观察客人们的百态。一天，一个女人在酒店里被杀了，唯一在场的巴特成为了头号嫌疑人，让巴特感到害怕的是，这名凶手看起来并未打算就此收手，而是接连不断的犯下凶案。为了洗清自己的嫌疑，巴特决定开始寻找凶手的踪迹，在此过程中，巴特和一位名叫安德拉（安娜·德·阿玛斯 Ana de Armas 饰）的女房客之间碰撞出了浪漫的火花。巴特必须加紧脚步寻找真凶，因为若非如此，安德拉有可能会成为凶手的下一个行凶目标。

俄亥俄州赫灵顿高中，似乎就在一夜之间，学校的老师以及部分优等生就变得十分奇怪。原本态度和蔼的他们如今冷峻阴森，而这种情况似乎愈演愈烈。问题学生凯西（Elijah Wood 伊利亚?伍德 饰）和黛丽拉（Jordana Brewster 乔丹娜?布鲁斯特 饰）偶然机缘躲进了衣橱，并由此见证了护士罗莎（Salma Hayek 饰）被残忍杀害的场面。但未过多久，罗莎又完好无损地出现众人面前，表情却如其他老师一般阴森。凯西等人逐渐意识到，这一连串事件和他们发现的某种神秘生物有关，而今这种生物似乎正以令人难以想象的恐怖速度大肆蔓延。危险不断迫近……

卢浮宫博物馆馆长被人杀害在卢浮宫内，临死前他费力的留下骇人的符号，从而惊动了符号专家罗伯特·兰登（汤姆·汉克斯）。在破案过程中，兰登结识了死者的孙女，索菲（奥黛丽·塔图），俩人几次遇险，九死一生，逐渐产生爱慕之情。随着案情的深入，他们渐渐发现这起谋杀案后隐藏着天大的秘密，甚至牵连到隐匿多年的神秘组织——峋山隐修会。兰登按图索骥，发现所有的解密的密码都藏在达芬奇的作品中，而最让人震惊的是，索菲的身世一时间随之复杂起来，她究竟是谁？峋山隐修会再现江湖想要达到什么目的？