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一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。柯克命令“赏金号”进入引力弹射状态，利用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市，船员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。此后，他们开始寻找能与外星探测器沟通的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器，以及能让猛禽舰恢复能源供应的物质——在星舰穿越时空的旅途中能源几乎被耗尽。柯克与斯波克最终获得了一位鲸类专家吉莉安·泰勒博士的协助，她在索萨利托市鲸鱼协会照料两头座头鲸。在经历了许多的困难后——包括让泰勒相信他们的确来自未来——进取号的船员们成功地营救了两头座头鲸，并将它们带到未来，及时地拯救了地球。然后船员们被带到了联邦委员会的面前，接受众多的指控。没有被作为被告的斯波克也与其他船员们站在了一起。最后，鉴于他们新近的英勇表现，除了对柯克中将的控告外，针对其余被告的所有控告都被撤销。柯克以作为一名上级军官却违背命令的罪行被判有罪，并象征性地被降职为上校以示惩戒；但作为对他英勇行为的表彰，他被任命为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号船员一同来到23世纪的泰勒博士，决定加入星际舰队并成为一名科学官。作为情节框架的支线剧情，展现了斯波克逐渐地恢复了他的记忆、他此前获得并接受的人类传统，以及他对自己情感的承认。在影片开始时，他不明白母亲询问他的“感觉”有何意义；但到最后，他已能足够意识到“感觉”对人类的重要性，并托父亲告诉母亲，他“感觉良好”。

一群建筑工人无意中唤醒被封印于地下的九命猫妖，当夜猫妖窜入范氏集团大厦，大开杀戒。茅山传人张大少（刘家良 饰）一族世代对抗猫妖，每五十年封印其一次，迄今历四百年，张大少继承最终封印猫妖的使命，但他因罹患癌症时日无多……张大少感知猫妖出世，遂展开追杀。范氏集团司机罗剑明（郑浩南 饰）当夜逃过一劫，为自保拜张大少为师。猫妖吸食人血功力大增，先后附身郑氏集团总裁与总裁助理天娜（徐淑媛 饰）。张、罗二人除妖反被胡警司（王晶 饰）以伤人罪名扣留，张大少手中三支用来消灭猫妖的符箭也仅剩一支。猫妖转守为攻，让张大少一脉付出了灭门代价。

一对努力想要在一起的年轻夫妇，当他们被提供了一个惊人的交易，房子有一个可疑的过去，通常是超出他们的能力。为了作为夫妻重新开始的最后一次尝试，他们接受了这笔交易。

泡沫经济的崩溃，使原本经营迪斯科一帆风顺的万代树木彦（佐藤浩市 饰）欠下黑帮大越组巨额债务。很快万代和受气包小职员萩原（竹中直人 饰）、美型男妓三屋（本木雅弘 饰）走到一起，三人一拍即合，策划抢夺大越组的巨额资金。不久，大越组不成气候的小弟吉米（椎名桔平 饰）和前警察冰 头（根津甚八 饰）亦加入进来，五人组正式结成。万代等人成功洗劫了大越组，然而大越组很快发现吉米泰国籍女友的护照一同丢失，于是顺藤摸瓜查出抢劫者身份，随后雇用冷血杀手京谷一郎（北野武 饰），对他们展开残酷狩猎……