数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭受到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的朋友，要跟人类建立起同盟关系，更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的，X星人根本是要把人类当作粮食来利用。虽然外星人的真面目被揭穿，但是外星人拥有不可思议的超能力，还有手下听命于外星人的巨大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计策，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最强大怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....

生活在贫民窟哈哈区的阿光每日靠打零工赚点小钱养活自己，一天在经过了繁忙而单调的工作后返回家中时，却发现整个哈哈区陷于一片火海中。从哈哈区逃出来的难民一时间居无定所，只得或投奔亲友，或露宿街头。知名富豪刁大绅来到哈哈区向穷人赊粥，一时间成为了各报刊头条新闻。

向荣（姜大卫 饰）和根莱（狄龙 饰）是一对亲密无间的好朋友。忽然，向荣遭逢家庭变故，一时不知所措，幸得根莱伸出援手才得以渡过难关。一日，向荣不幸遭歹徒痛殴，又是根莱恰巧路过相救。向荣请深感不懂武功的无奈，于是请求根莱带他去拜师习武。拜师入门后，向荣的武艺进步神速；但却屡屡误伤伤师兄弟，师傅只能将他逐出了师门。后来向荣遇到了当日仇人，学得一身武艺的他痛殴了对方，因此被黑社会大佬看好，聘为打手。而此时根莱却做了干探，两个好朋友注定要拼个你死我活。

故事根据长浦京同名小说改编。本作以 1924 年关东大地震后的东京为舞台。前谍报人员小曾根百合 16 岁就开始执行任务3 年之间杀掉 57 个人，因此被各国的大使馆称为「最该被除掉的日本人」。失去音讯的她在某一天，遇到因为掌握陆军消失金费的去向，因此遭到陆军精锐部队追杀的少年细见慎太后，再次投身战争，与少年共同对抗日本陆军。