時は戦国、武田勢の冷酷無残な仕打ちに愛想をつかした若き忍者越智吉丹は、一国一城の主の夢を抱き、諸国をさまよったが、この吉丹を、武田随一の忍者の雀の三郎左がつけ狙っていた。三郎左とは別に吉丹を狙っていた銅子播磨と吉丹は、ふとめぐりあった山猿のような田舎武士にすすめられ、馬借隊の群に身をかくすこととなった。馬借隊とは、有吉宗介を隊長に、お磯ことさぎりが指揮し、米や塩をはこぶことを職業としていた。この馬借隊に当時の最新式武器“種ケ島"の運搬をたのみに来たのが例の田舎武士、実は織田家の家臣木下藤吉郎だった。藤吉郎のたくみな弁説に有吉の一党はこの運搬をひきうけた。また藤吉郎は村上水軍の参謀百蔵と滝姫を口説きおとしてこれまた運搬をやくそくさせた。種ケ島が運び込まれた日、村上水軍の船に武田の忍者が襲いかかったが、荷の中味は石コロだった。一方、有吉の一党も荷をつんで出発した。これを追う武田の忍者たち、そして更にだまされたと知ってこれを追った村上水軍たち。随所ではげしい戦いが展開され、ついに武田の忍者のため全滅しようという時、蜂須賀小六をひきいた藤吉郎が現われた。そして荷の中味はニセモノで、ほんものはすでに小六たちが運んだという。これを知った吉丹は藤吉郎のとめるのも聞かず、さぎりとともに平原のかなたに消えていった。

公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。本作根据1995年动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编，系剧情不变、画面完全重制的作品。

香港重案组督察Sam（黎明）率众捣毁了某跨国犯罪组织的巢穴，并把该组织首脑之一Night（尹子维）捸捕归案，但他没想到的是， Night会在其花重金聘请的能言善辩的律师团的帮助下仅以协助偷运人蛇罪被判3年监禁，对此Sam虽很失望，但仍暂时舒了口气，携妻子Ann来到巴黎游玩散心。谁料Night的哥哥Day派的杀手早在巴黎埋伏。在巴黎购物中心，Ann不幸被杀手暗杀，Sam虽侥幸逃脱，却无法安然接受事实。回到香港后，Sam 辞掉了督察职务，开始了隐居生活，可是在无意间结识来自日本的漂亮女记者（濑户朝香）后，他对生活又有了新的理解。

一款可以用来代替士兵作战的全自动化机器人RS1被成功研制，送往香港参加展览。RS1的破坏力极为巨大，亦十分危险，它的存在令许多犯罪分子们垂涎欲滴。香港特警马奇（冯德伦 饰）、艾伦（李灿森 饰）和艾迪森（陈冠希 饰）奉命保护RS1的安全，而马奇和艾迪森之间曾经有过一段极不愉快的过往，使得两人在合作之中屡屡发生冲突。科特（孙国豪 饰）是艾迪森的好友，他的真实身份是一名天才黑客。科特趁同艾迪森叙旧之际催眠了后者，操纵其打开了RS1的开关，输入了逃走程式。RS1大闹场馆，死伤无数，而艾迪森亦被列为了头号通缉犯，遭到了FBI的穷追猛打。艾迪森知道，想要自证清白，唯有捉住目前下落不明的科特。