1990年，一艘巨大的飞船出现在地球上空，人们惶恐不安，却又分外好奇。经过一段时间紧张的等待，外星飞船始终没有动静。人类终于小心翼翼靠近它，强行走进舱内，结果发现了不计其数的外星人。他们形容丑陋，宛如虾子，而且健康状况极差，虚弱无力。原来这是一群来自外星的难民，他们最终被地球人接纳，并隔离在南非约翰内斯堡的一片区域内生活，此地名为“第九区”。经过长达20年的繁衍，外星难民的数量扩张至180万之多，且和周边人类的矛盾冲突不断，越来越多的人类呼吁将“大虾”赶出地球。MNU（列国同盟组织）经过磋商，决定将外星难民迁移到更为偏远的区域。MNU外星事务部门的特工威库斯（Sharlto Copley 饰）专门负责搬迁工作。威库斯在动员过程中傲慢随意，与当地居民冲突频频。最终，他为自己的行为付出代价，外星人的神秘流体将其感染，威库斯慢慢变成了外星人的模样……

康熙皇帝即将巡幸五台山，山西巡抚穆尔赛亲自督阵装点布置街巷。吴三桂余党马明阳派兵劫持了穆尔赛，以他当年写给吴三桂的密信为把柄，要他合谋刺杀康熙。因皇帝警卫森严，阴谋未能得逞。想看一眼皇帝的痴和尚和义女梅姑被官府认做犯上投入监牢。康熙抵达行宫，将政事交托大臣，自己假扮'飞龙大侠'，携侍从王宝出宫寻找出家多年的父亲顺治，途中了解到地方官吏压榨百姓、欺瞒朝廷的行径。康熙十分恼怒，以侠客身份暗访穆尔赛，恰遇五台知县欲将梅姑献给穆尔赛以换取官职，康熙和王宝将痴和尚与梅姑救出，击退穆尔赛和他请来相助的大内总管乌尔都和高手云里飞。梅姑对'飞龙大侠'寻父深表同情，康熙也百般安慰身世不幸的梅姑，两人同病相怜，渐生情愫。从台湾回归的郑成功之孙郑克爽来五台山见驾，康熙以礼待人，使郑克爽感激不已。马明阳探知康熙此行实为寻父，遂声言已控制了顺治帝，请康熙割西南三省做他的辖地以换取顺治，不巧康熙微服出访，郑克爽决定假扮皇帝前去谈判。康熙正与梅姑欢聚，云里飞却奉乌尔都之命率兵追击'飞龙大侠'。危急头头，马明阳部下赶到，击退云里飞，把康熙、王宝、痴和尚和梅姑救出重围。马明阳久羡'飞龙大侠'足智多谋，欲与之结拜，共谋'反清大业'，他得意地告诉'飞龙'兄弟，他已抓到康熙，并命人带上假康熙郑克爽和部下装扮的假顺治。康熙以为那人真是父亲顺治帝，心中不安。不知内情的乌尔都带兵杀到马明阳驻地要他交出皇上，马明阳喝令穆尔赛捉拿乌尔都，乌尔都方知被骗，与穆军展开激战。康熙带王宝冲下山现出皇帝身份。穆尔赛欲行刺被王宝杀死；乌尔都伏地请罪，康熙恕其无罪，命他带兵全歼叛匪。马明阳得知真相欲刺杀郑克爽，痴和尚趋前保护中剑身亡，康熙赶来处死叛匪。梅姑捧着从痴心妄想和尚衣服里掉出的玉佩，康熙方知痴和尚正是父亲顺治帝，悲痛不已。梅姑伤心欲绝，知道今生与康熙无缘，出家为尼。康熙启程回京，眼前闪现出梅姑秀丽的脸庞和痛苦的神情。

1963年的国庆前夕，磐石湾的民兵连长陆长海根据一把可疑的刀鞘抓住了持刀前来接头的特务。陆长海胆大心细，他紧紧抓住了这个线索，终于从特务的口中得知了敌人的行动计划。准备接应的暗藏海匪裘二能感到势头有些不对头，便骗取了民兵海根的信任，借船逃出港口。陆长海通过对海根进行阶级教育，改变了战斗计划。长海的妻子巧莲思想麻痹，险些被乔装前来借船的敌特骗过。巧莲的母亲警惕性很高，她揭露了敌人，以事实教育巧莲。陆长海追击并诱敌至狼牙礁，最后军民协助，将敌人一网打尽。

百万富翁王百万（周星驰 饰）被人用冰锥插死，由于他与妻子汤茱蒂（梅艳芳 饰）的感情破裂，汤茱蒂便有最大的嫌疑。刚好周星星（周星驰 饰）的相貌与王百万几乎一模一样，警方便让周星星假扮王百万让汤茱蒂带回家，好让周星星能够从中寻找证据。当周星星进入王家后，发觉王百万的好友林大岳（黄秋生 饰）也有重大嫌疑。怎料林大岳也同样被杀害。案情疑点重重，周星星后来发现汤茱蒂跟王百万的女秘书有暧昧的关系。