经过了两年的共同生活，如今斯图亚特和乔治一家过得融洽和睦，斯图亚特还是一如既往的聪明精灵，然而内心却为了一件事有点不安——乔治母亲添了小女儿，他们对这个千金宠爱有加，几乎花掉全部时间精力。而乔治功课也日渐繁忙，陪伴斯图亚特的时间也少了。斯图亚特有点落寞，直到它遇上了鸽子玛格罗。斯图亚特上演了一幕英雄救美，把玛格罗从危难中解救出来，并带她回家疗伤，心里对她暗暗倾慕。然而斯图亚特的恋爱并不是特别顺利，他不知道玛格罗有着不为人知的秘密，这只机智勇敢的小白鼠面临着又一次充满挑战的冒险。

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

清嘉庆年间。地处西南边陲的青龙、白虎两寨世代为仇，械斗不止。最后青龙寨终于打败白虎寨并杀死寨主。将其身怀六甲的夫人林桃儿生俘。按青龙寨寨规，应将遗腹子取出下油锅，以斩草除根，免除后患。危急关头，真佛寺通天长老倒骑毛驴，飘然而至。青龙寨大寨主罗思举见状，不禁拍案而起，二寨主牛成、三寨主罗三欲上前拦挡，被长老高超武功镇慑，动弹不得，眼看着白虎寨寨民赵老二和王满等人将林桃儿劫出法场。林桃儿存奔走躲藏中早产，婴儿呱呱坠地了，而她自己却死于林莽之中。通天长老受白虎寨旧人之托，将婴儿取名徐仇。带回真佛寺抚养。罗思举奈何小借长老，清来雪山剑侠格勒保，意在夺叫遗腹了徐仇。格勒保与长老有杀父之仇，仗着上乘武功;欲代长老于死地。长老将其击倒在地。格勒保蔚愧难当;于是砍下左臂，发誓18年后再见分晓。光阴似箭，罗公子罗剑跟随恪勒保走遍大江南北。觅师习武;学得一手好剑法。徐仇在真佛寺却不愿习武反而天天吃素念经，以阻当墨抄写经节。白虎察民大失所望，青龙寨却喜气洋洋。住设宴款待炒剑公了归来的宴席上。白虎寨二寨主佟春生蒙面刺杀岁剑，没有成功，更增添了白虎寨对第二天比武的担忧。次日，比武场上人头攒动，十儿面大鼓震大动地。罗思举、格勒保等人踌躇满志步入会场。长老身披法衣入场，双方虽一占未发。何比武，弋氛却紧张得令人透不过气来。当罗剑、徐仉卜场时;出人意料的事发生了。原来，罗剑与徐仇同年同月同日生婴儿时就被长老以掉包计阑换。身武艺的“罗剑，’比赛时成了徐仇，决意报杀父之仇。“徐仇”成了罗剑，他从小不愿参与尘世是非。最后岁思举领悟了长老一片苦心，以自杀换得第二个寨子的和妤。格勒保怒气难平，拔剑直扑通天长老。通灭长老一手未还，死在他的掌下。而他也被白虎寨二寨卞佟春生等人杀死。长老以生命换来了两寨的永世和好。

韦斯顿（约翰尼·德普 Johnny Depp 饰）的前妻去世了，带着小女儿琳恩（Courtney Chase 饰），悲伤的父女二人远赴洛杉矶，准备参加前妻的葬礼。令韦斯顿没有想到的是，刚刚抵达目的地，他和女儿便遭到了绑架。绑架他们的一男一女分别名叫史密斯（克里斯托弗·沃肯 Christopher Walken 饰）和琼斯（罗马·玛菲娅 Roma Maffia 饰）。绑匪告诉韦斯顿，在七十分钟的时限内，韦斯顿必须杀掉加州州长格兰特（玛莎·马森 Marsha Mason 饰），否则的话，他的女儿将性命不保。一边是无辜的州长，一边是心爱的女儿，韦斯顿会做出怎样的选择？随着事件的发展，韦斯顿惊讶的发现，策划这整起时间的罪魁祸首不是别人，竟是州长最信任的手下。