越战时期，奔赴战场的美国大兵途径香港时，会在湾仔停留，这让湾仔自1950年代末的数年间，充斥靠他们过日子的纹身师傅、小要饭、拿着照片找爸爸的“杂种”、阿飞及实为妓女的Bar女郎，形成特有的风情。Bar坊妈咪回乡找人做Bar女，家境贫寒、相貌不俗、个性倔强的赖水尾（夏文汐）和几个同乡姐妹从大澳渔村来到湾仔，开始卖肉生涯。起初，渔家女受到其他Bar女的嘲笑，但经过经验丰富的小伶玉（于倩）的一番调教，她们很快不输她人，易名水美丽的赖水尾更是出尽风头。风度翩翩却又年少轻狂的“杂种”Jimmy（黄秋生）幼年丧母，小伶玉将他养大后视作私有财产，不过Jimmy对她并无爱情，他心里只有不知身在何方的父亲。为Jimmy着迷的不止小伶玉一人，诸多Bar女只怪小伶玉将他看得太紧，他又不给她们揩油的机会。水美丽亦钟情于他。某次Jimmy被阿飞堵截，水美丽机智将他相救，又相告有心听来的他父亲的名字，两人瞒着小伶玉开始恋爱。后来水美丽为了他与小伶玉撕破脸，主动离开Bar坊，而找到父亲的他早忘记当初誓言，拍拍屁股去了美国。一家不要家家不要的行规令水美丽成为街头妓女，但小伶玉这个机会亦不给她，无奈之下她去了麻油地，几年挣扎，境况越来越糟。亏得性情相投的黑帮大姐大王英（叶德娴）相助，水美丽东山再起，短短几年更将生意做到了尖沙咀。随着越战的结束，湾仔渐成荒凉地，小伶玉亦变作风中残烛。水美丽念旧恩将她探望时，Jimmy恰好回港。听闻他是回港找妻，旁人都以为水美丽会与他再续前缘，对他早已死心的水美丽心底亦再泛涟漪，不料他早变作世俗之人，更将两人的感情忘得一干二净。其后水美丽有心将精力全部放在生意上，无奈时代风云不是她及待她若同性爱侣的王英所能把握。

适逢假期，高中教师里见英树（三上博史 饰）驾车带着妻子绫香（酒井法子 饰）和女儿奈奈去岳母家度假。快乐的假期很快结束，返程途中，他们的汽车出现故障。英树在电话亭打电话求助时，发现一张神秘的报纸碎片，上面竟然清晰写着女儿死亡的消息。正当他惶恐诧异之时，一辆失控的卡车撞向他们的汽车并引发爆炸，奈奈果然如报纸所写的那样葬身火海。这起事故摧毁了里见家的幸福生活，在此之后不久英树便和绫香离婚。3年后，一个连环杀手横行于世。过着平凡无聊生活的英树某日竟然再次收到预测死亡的信息，而预言的死者正是他班上的学生沙百合（堀北真希 饰）……

《沉默》改编自著名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折，同时也是整个欧洲信仰、思想的耻辱和失败。在传教与寻访的过程中，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐惧、坚贞与隐忍、挣扎与超脱……所有的两难情境都面临了，逼迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思索，最终，他彷佛也走过一趟恩师的心路历程，拥有自己对信仰的诠释与实践。

因为一场意外事件迫使两位主人公开始寻找那个模糊的地方，那个属于他们心中的好地方。