一代著名特工凌凌漆（周星驰 饰）长期被上级弃用，沦为卖肉摊主。一具价值连城的恐龙骨架被一个浑身盔甲的金枪客盗去，因为线索少任务危险，凌凌漆又被高层领导委以重任。 凌凌漆依循线索来到香港，与联络人香琴（袁咏仪 饰）碰头，不想香琴处心积虑找机会要将凌凌漆杀死，原来她的另一身份是金枪客派来的杀手，但经历过出生入死的战斗后，香琴与凌凌漆渐生出了真情。而此时，金枪客的真实身份也被曝光，发现自己掉进某个阴谋里的凌凌漆开始奋力与敌手较量。

1968年越前海岸三里浜，因不满老大安本富藏（西村晃 饰）独霸组织经营权，富安组•安本组若头川田登（松方弘树 饰）使用武力逼其交出游艇、赛马等行业的权力。交易虽然达成，但安本对川田恨之入骨。在老叔万古喜一（ハナ肇 饰）的引荐下，安本与大阪浅野组•金井组的金井八郎（千叶真一 饰）接头，欲借外来黑帮之手除掉川田。万古借此机会成为安本组老大，随后策划了一场伏击川田的行动。川田险些丧命，伤未痊愈之际便回到北陆寻仇，并斩断安本的一只手臂。出狱之后，川田表面顺服，实则暗中勾结浅野组•冈野组图谋反攻。一场大阪黑帮暗中操控的代理战争旋即展开……

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

在莎拉（Sarah）生日那天，她最好的朋友维多利亚（Victoria）给了她一套基因检测试剂盒作为礼物，以便她可以更多地了解家人的血统。但是那天晚上，维多利亚被惨死了。几周后，莎拉敲了敲门，是警察。