第八代将军吉宗执政之时。相马藩士丹下左马之介奉命杀死自己的密友、藩内奸细神岛小十郎，事后，左马之介又遭暗算，右眼受伤、右臂被斩……一天，柳生藩受到命令，承担修复日光东照宫的任务。这实际上是将军身边的臣子愚乐老人企图吞掉柳生藩的奸计。焦急不已的藩主对马守得知家中有一个藏有黄金一百万两的宝罐，有了它定能顺利动工。而此罐在对马守的弟弟源三郎处，在护罐回藩的路上，对马守的人马遭遇愚乐手下刺客的袭击。意外知晓宝罐秘密的小偷与吉和阿藤，趁乱得手。就在这时，一名身着白衣自称是丹下左膳的独眼独臂浪人，突然现身，并和与吉、阿藤，一块带着宝罐消失了。愚乐得知后，命对马守必须带着宝罐出席五日后举行的宽永寺院大茶会。源三郎立即派人寻找宝罐。另一边，左膳带着一个假罐子，找到愚乐，并换回一百两钱。这时，左膳在还是左马之介时候的恋人萩乃，闻讯找上门来，她的出现引起了阿藤的嫉妒。于是，她带上真的宝罐，去找愚乐。左膳赶去时，与吉和阿藤被当作人质捉拿，危机关头，被源三郎救下。左膳答应源三郎，一定会赶在茶会举行当天拿回宝罐。不久，已是宽永寺院大茶会之日，左膳在与吉和阿藤的帮助下，杀出一条血路，并登上五重塔，大声戳穿了愚乐老人的计谋。大冈越前守听罢，与左膳约定，只要他离开江户，就宽恕与吉和阿藤。至此，愚乐机关算尽终自灭，柳生藩也度过了危难……左膳则大步朝着江户城外走去。

十九世纪末，亚历山大-哈特德根(Alexander Hartdegen，盖伊-皮尔斯饰，Guy Pearce)发明了一种时光机器，这种机器可以将他带入80万年以后的未来。在那里，他发现人类已经进化成了二个种族：艾洛伊族(Eloi)和莫洛克斯族(Morlocks)……跨越19、20世纪的传奇科幻小说作家H.G.威尔斯(H.G.Wells)著成了这部经典小说《时光机器》。在他的那个年代，他被称之为“可以看到未来的人”。然而，如果确实可以看到未来，H.G.威尔斯就会惊讶他最著名的小说被搬上了大银幕，而且不止是一次，而是二次。自从威尔斯的小说问世100多年以来，许多事情都变了样，但威尔斯对未来的设想以及时光旅行的概念仍然对观众们具有强烈的诱惑力。本片的制片沃尔特-帕克斯(Walter Parkes)评论说：“时间返回到20世纪60年代初，《海底两万里》和《地心游记》这类影片引发了我们无穷的幻想，而这些影片的祖师爷就是乔治-帕尔(George Pal)执导的1960年版的《时光机器》。今天，我们拥有的技术使我们可以打造出一个H.G.威尔斯曾想像过但制造不出来的世界，这是相当令人振奋的。当然，这个故事的基本情节----亚历山大身着马甲、系着领带、外套夹克，爬进了那个美丽的手工制造的维多利亚式机器，进入未来世界旅行----时至今日仍然像当初一样给人留下深刻的印象。”这部新片已经很难让人再产生对H.G.威尔斯的联想了。2002年版《时光机器》的导演是西蒙-威尔斯(Simon Wells)，他是作者的曾孙。虽然有着家族的血缘联系，而西蒙-威尔斯却工作在动画界，并小有名气，特别是他还是梦工厂史诗般巨作《埃及王子》的合作导演，这是他第一部给人留下深刻印象的作品。《时光机器》的故事中，存在着四个不同的世界。威尔斯描绘说：“第一个世界是20世纪之交的纽约。我们先是来到了离我们不远的的将来----2030至2037年。最后我们又到达了一个更远的未来，在这里我们发现艾洛伊人田园诗般的世界里还存在着莫洛克斯人的黑暗世界，这有点象但丁的地狱一样。每个世界都有其独特的视觉风格。”

黑锹小角（小林昭二 饰）率领的忍者军团行动失败，柳生鞘香（松尾嘉代 饰）带领其麾下的女子刺客军团继续追踪拜一刀父子的踪迹。阿波藩的蓝玉制造密法被幕府盗走，拜一刀（若山富三郎 饰）受聘刺杀盗走密法之人。一路上拜一刀父子不断受到柳生鞘香女子军团的袭击，但都一一化解。拜一刀登上护送之船，柳生鞘香亦尾随而来，有所察觉的保镖弁天来三兄弟放火烧船后逃走，拜一刀父子连同鞘香逃出生天。弁天来三兄弟逃至沙漠，击溃在此等候的阿波藩刺客，却最终无法避免与拜一刀的生死决战……

夜，静谧的沙漠之中，盲人女孩Rena和导盲犬收到了来自未来的陌生电话，导盲犬引导着Rena看到了她想象之中的未来城市景观。