该片是全球首次以三维动画形式讲述花木兰故事。故事基于原著但做出改编，木兰从小怀抱女侠梦想，可在替父从军后屡次遭受打击，咬牙坚持下面对爱情和友情种种，最终真正理解了“侠之大者，为国为民”的含义。

自从小时候母亲去世以来，就封锁了心灵的真。一直守护在他身旁的，青梅竹马琴莉。高中三年级的现在，就在终于准备跨出一步的两人面前，来自另一个日本的，另一个“我”突然出现——。

明朝末年，江南一带干旱成灾，一时间饿殍遍野，百姓民不聊生。此时，曹化之贪污“两河工程款”一案，在京城和坊间引起巨大反响，百姓痛恨，皇宫震惊。皇上传出谕旨，责令京城都察院限期破案。皇宫里九侯爷暗中散布消息，说曹化之越狱逃跑。女捕快铁飞花立下军令状，纵然追到天涯海角，定将曹 化之缉拿归案。铁飞花一路打探，追至陈口县城。几天的明查暗访，曹化之最终落网。谁料想曹化之矢口否认自己是曹化之，他的真名叫曹一风，供职于陈口县衙做一小小捕快而已。铁飞花乃江湖“御赐神捕”，名贯九州，费尽心机，难道会冤枉无辜不成？铁飞花和助手柳儿押解曹一风前往京城。一路上，铁飞花先后遭遇几伙人围追堵截，目的都是想让铁飞花交出曹化之。蒙此不白之冤的曹一风趁铁飞花与劫匪交手之际，偷偷溜走，潜回陈口县。曹一风聪明一生，却糊涂一时。刚刚回到陈口，曹一风就落入一伙劫匪之手。就在劫匪准备杀掉他时，铁飞花及时赶到，出手相迎，救曹一风于不死。铁飞花让柳儿放出话头，曹化之就在她的手上，借此招人劫持，希望有人能交出幕后指使者。一个偶然的机会，铁飞花从一个试图致她们于死地的士兵那里得知，是京城裘大人要曹化之的性命。与此同时，京城里惶惑不安，坐卧不宁，九侯爷暗中调查，趁机敲诈裘大人不少银两。闻风曹化之就在铁飞花的手上，不明刺客果真如蝗而至。铁飞花左右出击，一一破获却留刺客一条生路。在曹一风的追问下，铁飞花说出其中原委，希望曹一风能协助她破获此案，查出幕后真凶。曹一风感动于铁飞花的忠诚执着，答应将计就计。果然，京城里与这件案子稍有瓜葛的朝廷官员坐卧不安，纷纷暗中行动，企图杀人灭口。工部尚书魏存平第一个被刺客交待出来。来到京城，曹一风在铁飞花的授意下，上演一幕逃跑假象，引出工部尚书魏存平，迫其招供。铁飞花诱敌之计得到都察院和皇上的赞同。在诱敌之计下，参与两河工程款的朝廷官员相继浮出水面，幕后指使“越王爷”原形毕露，曹一风这个陈口县的小小捕快，青云直上，荐为都察院六品之职。

明末, 日寇在中國沿海各省為患. 華將, 奮力退日寇. 日本將領獲悉將軍手持一本武學奇書, 便特派遺一隊精通魔法的忍者到中國去搶劫此書. 華將得知此事後, 即邀請一位老忍者, 率領旗下三名徒兒, 對抗日軍. 經過連場惡鬥, 兩人終面對面來一場中日大戰.