满清入主中原后，有讳于汉族民众以武术造反，严禁民间习武。少林本也应列禁例之内，但有鉴于寺中弟子皆武艺高强，清廷于是命少林选派弟子，教授八旗官兵武艺。然而有一将军（王龙威饰）深觉少林终乃清廷心腹大患，又不满于其隐匿寺中武僧，仅指派俗家弟子前往授艺，终生挑拨南北少林两家，另双方自相残杀以剿少林之念。

「E5系はやぶさ」「N700Aのぞみ」など実在する新幹線が変形するロボット「シンカリオン」に乗る運転士となった子どもたちが、大人たちと協力して敵に立ち向かう姿を描いたテレビアニメ「新幹線変形ロボ　シンカリオン」の劇場版。次世代新幹線開発のための試験車両「ALFA-X」がシンカリオンとして登場し、新たな運転士とともに戦う姿を描く。地球を狙う新たな敵ナハネの出現によって、再び戦いに身を投じることになったハヤトたち「チームシンカリオン」だったが、ナハネの襲撃によってハヤトの父ホクトが行方不明になってしまう。不安を隠せないハヤトの前に、時空を超えて9歳のホクトが現れる。タイムスリップしてきた少年ホクトは、地球を守り、元いた時間に戻るため、最新技術を結集して完成した「シンカリオンALFA-X」の運転士になることを決意する。少年ホクト役は声優の釘宮理恵。ナハネ役で俳優の伊藤健太郎、ナハネの参謀オハネフ役で吉田鋼太郎がゲスト出演。

奸相秦权(谷峰 饰)身患恶疽，危在旦夕，指使首席护卫司马骏(罗烈饰)往药师处取长生藤治疾。药师知是秦权要用，坚决不予，司马骏无奈将药师杀害，掠走其藏有长生藤之宝盒。司马骏师弟铁二郎(刘永饰)出于义愤，伺机将长生藤盗去，司马骏愤然将铁母杀害，仍无法搜到长生藤。二郎见母遇害，悲恸欲绝，联合药师之女谈丽(燕南希饰)，与司马骏展开殊死之战。

舞台は、かつて高度な文明が栄えていた惑星アクアロイド。アクアロイドが属する星系リドは、イノガニックと呼ばれる謎の無機知性体に支配されており、住民達は片隅で細々と生き延びていた。アクアロイドに住む少年シュルギ・ナムは、ある日、光り輝く剣を手に入れる。ナムと幼なじみのラサ、そしてモンガーは、その日からイノガニックに追われることになる。その剣こそイノガニックを滅ぼすことのできる唯一の武器「聖剣」だったのである。