柳生一族贼心不死，沿途派遣数队刺客截杀拜一刀父子，但最后悉数落败。这一日父子俩投宿旅店，一名叫松女子跑来寻求帮助，拜一刀（若山富三郎 饰）手刃前来追赶之人。闻讯赶来的妓院老板酉藏（浜木锦子 饰）索人，拜一刀拒绝，并甘愿替女孩受罚。严刑拷打并未使拜一刀屈服，反而使酉藏受到震撼。酉藏的主人三浦带刀（滨村纯 饰）因此拜托拜一刀刺杀其仇人猿渡玄蕃（山形勋 饰）。另一方面，得知消息得猿渡召集数百人兵马围杀拜一刀父子，父子俩与猿渡的军团在地藏原展开殊死拚杀……

咖啡店新来的女招待有里（桂たまき 饰）是一个泼辣张扬的女孩，而在同一家店的糕点师阿健（林ゆたか 饰）则显得内向木讷。这两个性格迥异的人走在一起，雨夜归家途中，他们搭载了一名举止怪异的女子（山科ゆり 饰）。两人将女子赶下车，慌乱中将其误杀。杀人虽令他们恐慌，却同时让他们品尝到前所未有的刺激和快感。为了寻求类似的快感，有里和阿健接连绑架并杀害了多名女性，手段残忍，无所不用其极。而在这一过程中，阿健似乎更加痴迷于此……

孝之助（渡哲也 饰）在学生时代就开始爱慕着名为多江（吉永小百合 饰）的女子，一晃眼二十年过去，多江的一颦一笑依然深深的留存在孝之助的脑海之中。一场聚会中，孝之助意外的和多江重逢了，此时的多江经营着自己的花艺工作室，她的丈夫在早年间去世了。孝之助和多江的来往渐渐密切了起来，两人屡屡出游，倾诉他们深藏在心底的梦想。孝之助因为突发心脏病而住进了医院，前去探望的多江在医院捡到了孝之助的妻子佳子。这场会面让多江意识到自己正在做一件不可挽回的事情，于是决定离开孝之助，和自己的插花老师去京都学习。孝之助最终和佳子离了婚。

21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。