故事讲述住在冲绳离岛上的桥本骏(村田 配音)，结识了失去父母的孤独高中生知花实央(松冈 配音)，两位少年成了好友。实央为了快点成长为大人，决定离开本岛，两人渐渐断了联系。3年后，实央却再次出现在骏的面前，还大胆告白。

晓恩（张曼玉 饰）留学归来参加妹妹的婚礼，期间发觉与母亲葵子（陆小芬 饰）的隔阂与矛盾只增不减。直到陪母亲回日本探亲时，她才真正开始了解自己的母亲。原来在抗日期间到满洲投靠哥哥的母亲，结识了当时身为军官的父亲（李子雄 饰），并与其结婚，战后决定随丈夫一起搬到澳门生活。因 生活习惯和文化等各方面的差异，令母亲与公婆同女儿之间的隔阂与误解不断。然而在母女俩终于取得了沟通与谅解之时，却从大陆传来了从小带大晓恩的祖父中风不良于行的消息, 向来和他们不和的母亲却要求忙拍戏的女儿一定要去......

第二次世界大战期间，中国河北挂甲台村的农民马大三（姜文饰）在日本人的统治下过着平静的生活。一个晚上，游击队绑架了日军陆军士兵花屋小三郎（香川照之饰）和翻译董汉臣，把他们捆绑塞入麻袋放在马大三家里，并吩咐马好好看管，几天后的大年三十来带人。马大三和村民战战兢兢地看守两人，花屋小三郎和董汉臣数次发出求救信号，皆被村民化解。半年过去了，村民们担心事情暴露，却又不敢把花屋等放了。马大三最终被董汉臣说动，把花屋和董送到了日军宪兵队驻地，以换取粮食。日军宪兵军官酒冢猪吉是花屋的同乡。他表面上对马等人客气，但背后指责花屋让皇军蒙耻并殴打了他。宪兵队整队去马的村子里和村民联欢送粮，酒到酣时却乍露杀机。

1988年7月16日，从汉城始发的列车发生了一起严重的交通事故，造成100多人死亡。但是谁也不知道真正的事故原因，也不知道肇事者，这个事件成为一个未解开的谜。16年后的今天是这趟列车最后一次运行，在一个暴风雨的夜晚，列车出发了。10分钟的急刹车，以及接连发生的莫名其妙的事情了……急速向前奔驰的列车突然急刹车，10分钟后列车重新启动，但是列车服务员美善总觉得列车空间有种陌生感。虽然和之前一样的空间，但是美善看到了80年代的装束和发型，竖着写的报纸以及上面印着的1988年7月16日的日期。我现在看到的是幻觉还是现实呢？如果是现实，如果说这个无法相信的现况是现实的话，那么我现在到底在哪里呢？急驰的奇怪列车，哪里是它的尽头！没过多久，美善发现自己眼里可以看到的这些在别人眼里却是看不见的东西，这个时候她感到更加恐惧。美善独自一人在未知的空间里，或许这趟列车刚才急刹车的时间和地方就是16年前发生事故的时间和场所呢？美善的幻想中出现了令人恐怖的事情，逐渐美善明白了列车的秘密和自己有关联的事实。到了终点会不会一切都揭开谜底呢？带着这些疑问列车向未知数的终点站奔驰而去……