2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。

阿明（田中幸惠 饰）、樱子（菊池叶月 饰）、芙美（三原麻衣子 饰）和纯（川村莉拉 饰）是非常好的朋友，一有空，四人便会结伴出游，彼此之间友情十分坚实。阿明是一名护士，至今未婚，虽然身边并不缺乏追求者，但她似乎还没有做好准备走进一段稳定的关系之中。樱子是一名家庭主妇，和婆婆 一起生活，儿子进入青春期，身体和心理上的变化令她有些措手不及，忙碌的丈夫又总是缺席孩子的教育问题。芙美和身为艺术家的丈夫即是恋人又是工作伙伴，两人虽然生活和工作都在一起，彼此之间却又一种无法言喻的疏离感。纯正在和丈夫打一场离婚的官司，这段失败的婚姻里，纯是过错方，但丈夫显然并不愿意放弃他们的婚姻。

俊基（张赫 饰）是学校中的体育老师，因为其帅气的外表和开朗的性格而深受同学们的喜爱。某日，俊基的学生英恩（赵宝儿 饰）向老师袒露了自己心中炙热的爱意，这让俊基感到十分不知所措。俊基同妻子书妍（鲜于善 饰）结婚多年，随着时间的推移，彼此之间的炙热爱情由浓转淡，婚后生活渐渐归于平静。英恩的出现和她热情奔放的性格点燃了俊基熄灭已久的心火，让他回忆起了初恋的悸动与甜蜜。然而，随着时间的推移，步步紧逼的英恩让俊基意识到，是时候将一切结束了。但是，英恩却并没有就此放过俊基，反而将矛头转向了书妍，将书妍视为是阻挠她和俊基之间爱情的最大敌人。

风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中……