这两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，也由此在全球引起了一系列破坏。一股无形的力量造成了这两只巨兽之间的巨大冲突，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开。

第一次宇宙大战后十年，是一个安定和平的年代，是地球重建的高潮阶段。一天，作战警报突然响起来了。在文化公园旁弃置多年的SDF－1突然开动起来，将一束粒子流射向天空。望着雨雾中的SDF－1，身为记者的神崎响露出了微笑。主炮自动开火这样的事在历史上只发生过一次，那是当年杰特拉蒂军初到太阳系的时候。那也是第一次宇宙大战的第一炮，凭着职业的本能响预感到有大事要发生了，就在这时他接到了去战场的指示。天顶星帝国是一个非常庞大的组织。尽管在当年的决战中，基干主力舰和帝国飞船大队被击溃，但在广大的宇宙中仍旧星罗棋布的分布着许多据点和侦测船队。十年以来，这些"散兵游勇"依据基干舰最后的座标方位，一批又一批的来到太阳系向地球发动进攻。而地球军也掌握了一整套行之有效的对策，"林明美作战"就是其中的核心。首先将明美的歌播放给敌人，以此扰乱这些从未接触过地球文化的天顶星战士。趁敌人混乱之际，地球军再伺机而攻。正是利用这一套办法，多年来地球军几乎不费吹灰之力的消灭了一批又一批的入侵部队。也由此确立了所谓的"联邦军不败"的神话。战场上敌人已经在混乱中被冲散了，一切都是十分顺利的依照计划进行，胜利似乎唾手可得了。一阵奇怪的声音从敌方的通讯回路里传来。虽然没有什么明显的节奏和旋律，但可以肯定的是这绝对是人为发出的声音，而且还是女人的声音。明美的歌声被压下去了，将军不禁惊出了一身冷汗，现在轮到地球军手忙脚乱了。在歌声中，敌人的战机变得灵活了。在重新编队以后，精神百倍的扑了上来。顷刻之间，联邦军的舰队就变成了一个五颜六色的大花丛，每一支花朵都是以吞噬无数生命为绽开的代价......曾几何时，这些骄傲的地球军早已变得衰弱无力，只会进攻没有还手之力的敌人。太多的胜利冲昏了人们的头脑，没有人想过那无敌的神话原来竟是如此的软弱和不堪一击......在爆炸的冲击波中，一架侦察机翻滚着，几次都险些被击中。借着爆炸的缺口，侦察机飞进了敌舰的内部，响意外的发现了一位昏迷不醒的少女。响归航了，望着后座上昏迷不醒的女孩，他下定了决心。他没有对任何人提起外星女孩的事，他要通过这个女孩挖掘出真相，这样才对得起死去的同伴......

Ben（吴镇宇）是香港一档电台节目《恐怖热线》的监制，忙于工作的他日渐疏忽女友Helen（周丽淇）。Helen是一名护士，曾瞒着Ben做掉腹中胎儿，此事令她难以释怀，时常会看到幻象。Mavis（何超仪）是美国电视新闻网络记者，她及摄影师等一行五人到港拍摄有关香港电台文化的特别节目，第一个研究对象便是《恐》，但Ben并不友好，只准他们在直播室外拍摄。某晚，《恐》主持人接到自称Chris的男人来电，说1963年他与6个同学在西环踢足球时，无意中在球场附近的山洞内发现一只“大头怪婴”，当即吓得魂飞魄散，甚至信奉伊斯兰教的校长亦不能用手中的《可兰经》将之制服。Chris的电话引来始料未及的热烈回响，Ben与Mavis都决定对此展开深入调查，但两人新闻出发点有异。几乎同时，Helen所在的医院接收了受到过度惊吓的青少年Sam（李灿森），对他，Helen没像其他护士一样慌忙躲闪，相反亲爱有加。Mavis和Ben依据有限线索找到老校长的养女Connie（张佳佳），从她口中得知，Chris不久前曾同6个男人看过老校长。随后《恐》直播时，主持人再次接到Chris的电话，但这次却是对他们的诅咒。不久，Mavis的摄影师离奇死去，他拍下的影像显示，当晚直播间里多出一个人影。Mavis和Ben展开更进一步调查，发现1961年的确有孕妇生下骇人的“大头怪婴”，Chris的6个同学也早已集体自杀。而Ben在向Helen求婚之后，Helen的行为却在某夜发生异变，她来到医院，将Sam带到一陌生地。

十一年前，香港的富家郑家老太太和她的二媳妇在七月盂兰节的卖物会上高价投得了一块晶莹古玉。岂料自此二嫂性情大变，一日，郑家二爷提前回家，撞见了二嫂与古玉变得怪物在偷情，一怒之下，二爷摔碎了古玉。不料此后二爷浑身腐烂痛极跳楼而死，二嫂不久亦坠楼身亡。郑老太请来法师超度亡魂，法师用黄符封了二爷的房间，讲二嫂的尸骨亦封于房间，告诫老太太二嫂已经有了怪物的魔胎，现用符封住了她的神位，12年内不可移动，否则魔胎诞生、恶魔降世。一晃十一年过去了，这天郑老太大寿孙子权（刘丹 饰）带着女儿安安（吕绣菱 饰）回来祝寿。安安见了二爷的房间封满黄符，好奇之下闯了进去，不小心移动了二嫂神位上符纸……