故事讲述一群年轻人结识了一个陌生女子，陌生人热情地邀请这群年轻人在自己的家中开Party，然而意外和恐怖的事情却接连发生……

亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

老洪（刘威 饰）是飞虎队的大队长，带着副队长王强（李雪健 饰）和队员彭亮（常戎 饰）一起，几人潜入了正泰国际洋行，暗杀了日本掌柜。岗村是日本特务队的队长，暗杀的消息激怒了他，使得他杀死了数十位无辜的脚夫以泄心头之恨。老洪得知洋行新上任的掌柜山口旅团长正在途中，于是在政委的带领之下将其击毙，之后更杀死了岗村，替惨死的中国人民报仇了雪恨，同时大大打击了敌人嚣张的气焰。新任特务队长松尾人面兽心，他找来了特务秦雄（李幼斌 饰）使出奸计，企图将飞虎队队员一网打尽。不仅如此，松尾还绑架了老洪的妻子芳林嫂（陈小艺 饰），企图利用她彻底将老洪消灭。

博多から多摩市立緑ヶ丘中学に、ムキンポこと木村一郎が転校して来た。彼は同じクラスに先日、坂道で一目惚れした近藤桃子がいるのを見て喜ぶ。最初にムキンポの意味を知ったのは山田進と高橋守という凸凹コンビで、ムキンポはこの二人とはすぐ仲良くなる。妹のキレ痔を初潮と勘ちがいして駆け込んだ病院は桃子の家だった。それ以来、ムキンポは桃子と急速に親しくなるが、彼女には学校一秀才でパソコンが趣味の小山英介という恋敵がいることを知らされる。ムキンポは、またクラスメートの大石麻衣も好きになってしまった。彼女はムキンポが親しくなったお百姓の娘だった。ある日、ムキンポは英介と共にクラスの番長・堂園からヨットでのトローリングに誘われる。二人の美女が同行するとの話に、進と守は堂園がムキンポに初体験をさせるつもりだと推則した。真新しいパンツを用意して、ムキンポは不安と期待を胸に大海原にくり出すが、大いなる思いちがいで二人の美女は、堂園の二番目の若いお母さんと英会話の教師キャティであった。祭りの日、ムキンポはデパートのトイレでひょんなことから、谷田部という高校生の顔にウンコを塗りたくってしまう。ムキンポの定期券を拾った谷田部は、仲間を連れて緑が丘中学に押し寄せた。意を決した堂園以下20人ばかりが高台の決戦場へ向かった。決戦が始まろうとした瞬間、肥だめを抱えたムキンポがやって来た。おわびにそれをかぶろうとした彼は、謝まって総番長にかけてしまう。糞まみれの戦いの中、急に雨が降ってきた。見ると空のＵＦＯから降っており、中から説教する声が聞こえた。ある日、ムキンポは桃子からデートに誘われた。彼女はその席で、堂園から交際を申し込まれたことを告げる。傷心のムキンポは英介の引越しを仲良く手伝う麻衣を見て、ダブルショックを受けてしまった。