位于歌舞伎町一隅的万事屋，坂田银时（小栗旬 饰）、志村新八（菅田将晖 饰）和神乐（桥本环奈 饰）因为没钱交房租而焦头烂额，于是三人只得外出打工。他们先是去夜总会担任女招待，之后又临时充当理发师，可好死不死都碰上了微服出访的将军大人德川茂茂（胜地凉 饰），令他们战战兢兢，如履薄冰。另一方面，真选组土方十四郎（柳乐优弥 饰）遭伊东鸭太郎（三浦春马 饰）暗算，从刚硬坚毅的武士变成了柔弱怯懦的御宅族，最终被真选组扫地出门。在此之后，伊东联合鬼兵队，策划足以颠覆江户政府的大阴谋……本片根据空知英秋的超人气漫画改编改编，是同系列真人电影的第二部，此次的故事根据“将军接待篇”和“真选组动乱篇”改编。

一场惊心动魄的恶梦以后，鹦鹉仙子把王子亚当和太空虎呼唤到城堡。她交给了亚当一把镶有宝石的剑，并通过电光门把他内务送到了以希利亚，让他们去查出当中的秘密。他们连自己也不确定要找的是谁或者是什么？亚当和他的伙伴很快成为了起义军的朋友，起义军是由几个市民组织而成，并专门与邪恶的霍达军队作斗争的一支小队伍。在一场大战争中，亚当变身成为希曼帮助起义军，但很快被霍德军队的阿多拉抓住了，并交由霍德士兵看守着。阿多拉在睡梦中被奇怪的声音惊醒，这声音把她带到监狱，这时宝剑上出现了鹦鹉仙子。她说出了阿多拉的身世，并告诉她宝剑中的秘密。鹦鹉仙子说出阿多拉的真实身份——她是一位公主，不仅那样，她还是希曼的孪生妹妹。当她婴儿的时候被霍达克掳走。阿多拉拿着宝剑，把它举在头上并呼喊：赐予我力量吧！这时她就变身成为非凡的公主—希瑞，接着马上解救了她哥哥……最终亚当王子和阿多拉公主重聚，欢呼着回家，这样艾特尼亚皇室就可以团圆，他们还试图将明月城堡从霍达克的邪恶统治中解救出来。

到千年之交时，一种名为“虚拟现实”的技术将得到广泛应用，它能使人进入一个由电脑创造出来的、如同想象力般无限丰富的虚幻世界，它的创造者预测这种技术将为人类社会的发展发挥无数积极的作用，而有些人则担心它会被一些人利用，成为一种控制人类思想的新方法。在美国一间“虚拟空间工厂”，安吉罗·拉瑞博士正在致力于研究一种能够迅速提高人类智商的“5号计划”。在过去的5年时间里，安吉罗博士的研究对象是几只精心挑选出来的猩猩，试验已经证明，猩猩在虚拟空间的刺激下，智商已经明显提高。可“虚拟空间工厂”的负责人蒂姆斯受到幕后投资人的指使，一直鼓动安吉罗博士通过这种方法对猩猩的原始暴力中枢神经进行刺激，以此来提高它们的攻击性，最终制造出比武器更厉害的东西。安吉罗坚定地拒绝了那些战争流氓的痴心妄想，于是投资人拒绝继续投资，安吉罗也因此遭遇了停职的困境。安吉罗不愿放弃“虚拟空间”项目的研究，但却苦于没有研究对象，一个偶然的机会，除草人乔布出现在了安吉罗的面前。乔布患有先天性的智力缺陷，从小就被神父收养的他受尽了周围人的欺侮和白眼，只有邻居家的小孩彼得愿意跟他交朋友。但乔布天生乐观善良，安吉罗决心让乔布参与试验。安吉罗对乔布的实验和训练进行了仅仅一个月，乔布的智商就增长了4倍，这一惊人的结果令安吉罗充满了信心，但与此同时问题也出现了，家里的研究设备已经无法满足随后的研究需要，安吉罗只好求助于蒂姆斯，希望能偷偷借用“虚拟空间工厂”的中心实验室继续对乔布的实验。蒂姆斯一方面爽快答应，另一方面却向幕后投资人告了密。随着研究的深入，安吉罗发现乔布在提高智商的同时，也显露出了一些超出他预想的迹象，比如暴力倾向，于是他果断地中止了实验。经过调查安吉罗发现，乔布正在的注射的药物并不是自己之前配制的，而是一种直接刺激人的暴力中枢神经的药物，原来是蒂姆斯暗中调换的药物。事实上此时的乔布已经拥有了一种“用思想控制物质”的神奇力量，他甚至借助这种力量烧死了表面仁慈、内心阴暗的神父，一直虐待他唯一的朋友彼得的父亲也没有得到好结果。安吉罗此时才意识到自己可能害了乔布，他努力说服乔布停止进入虚拟空间。但乔布已经失去了理智，他的智商甚至已经超越了安吉罗，并自行进行着实验，更令安吉罗始料不及的是，乔布正企图利用虚拟空间来获得控制整个世界的力量。紧要关头，安吉罗将炸弹安放在了中心实验室，想以此来阻止乔布进入虚拟空间。不甘失败的乔布拒绝离开实验室，在爆炸声中实验室瞬间成了一片废墟。

小飞侠皮特?潘是梦幻岛上永远不会长大的小精灵，这天，忍不住寂寞的他飞到了伦敦，飞入了小女孩温蒂的家。温蒂做梦也没有想到这世界上真的有小精灵存在，而且自己还被邀请前往梦幻作客。兴奋不已的她带上两个弟弟，三人一起跟随小飞侠飞往了那个想象中的世界。梦幻岛上有温蒂他们从来没有见过的各种各样的东西，印第安酋长、美丽的公主、童话中的人鱼等等，让三人玩得十分开心，小飞侠还帮他们在这里安了家。这时，坏蛋海盗船长来到了岛上，小飞侠必须去战斗了！