本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。

老迈但却充满活力的工厂主中岛喜一（三船敏郎饰），在听说美国进行氢弹实验之后，就购买了一块土地修建地下室，以防备核辐射。后来，他又听说苏联也在进行氢弹实验，放射性尘埃能从北面吹到日本，于是就放弃了修建地下室的计划，打算全家移居巴西。周围的人都觉得他杞人忧天，大惊小怪。家人极力反对他的计划，并以精神失常为由，请求法院禁止他处理家族财产。中岛喜一为了断绝家人的后路，一把大火烧毁了自己的工厂，却没料到这一举动导致了工人的失业。中岛喜一最终发疯，进了精神病院。

一名危险的杀手（尼尔·麦克唐纳饰）的任务是追捕一名少年，他目睹了自己的哥哥被无情的南方罪魁祸首（迈克尔·库德利兹饰）谋杀。雇佣的枪必须在敌手或联邦调查局先找到那个男孩之前找到他。随着时间的流逝，杀手开始质疑他的致命方式，必须选择他属于哪一方。

An elegiac ode to a loner who finds it difficult to fit in and the inevitable eruption of his frustration, Isolation of 1/880000 tells the story of Takemitsu, a disabled young man caught in the “examination hell” of trying to get into one of Japan’s top universities. Director Sogo Ishii (now renamed as Gakuryu Ishii) was the original 8mm punk, whose works expressed unhinged energy and made speed, intensity and rebellion their stylistic and thematic center, carrying over into his later 16mm and 35mm films such as Crazy Thunder Road and Crazy Family. In contrast, Isolation prefigures the more ethereal aesthetic of his big budget 1990s films.