电影《小强大战外星人》讲述了王宁饰演的“公务员”杨小强和修睿饰演的王胖子，为了追求李梦饰演的刘芬芬而勇斗富二代，导致双双下岗，从“公务员”沦落为街头屌丝。机缘巧合下，两人竟发现一个惊天阴谋——情敌富二代扮演的外星人是假的，但真的外星人也来了。而且，外星人入侵地球使用了高科技生化武器。

慶長五年九月、関ヶ原の合戦で西軍豊臣方は惨敗に終った。作州宮本生れの郷士の伜、新免武蔵と本位田又八は野望を抱いて西軍に加わったが傷ついて、もぐさ家のお甲とその養女朱実に救われた。この母娘は戦場荒しを稼業とする盗賊だった。ある日、お甲の家を野武士辻風典馬の一隊が襲った。武蔵は典馬を殴殺し、又八は手下を追いちらした。そんな二人にお甲の誘惑の手がのびた。又八は許嫁お通を忘れお甲とともに姿を消した。宮本村に向った武蔵に、豊臣方残党詮議が厳しく、武蔵は人殺しを重ねつつ、故郷に向かった。武蔵召捕りのため姫路役人青木丹左衛門が村の七宝寺を本陣として采配を振っていた。その頃、お通のもとに又八からの縁切状が届いた。又八の母お杉婆と権六叔父は、又八の出奔を武蔵のせいにして武蔵を恨んでいた。七宝寺には沢庵坊主が居候していた。農繁期の盛りに百姓達は武蔵召捕りのためにかりだされた。みかねた沢庵はお通と二人で武蔵を生け捕りにしてきた。同じ捕るなら仏の慈悲という沢庵の言葉に武蔵は剣をすてた。だが、沢庵は境内の千年杉に武蔵を吊るしあげた。そして人間としての道を諄諄と武蔵に説いた。沢庵の大きな心を知らないお通は武蔵を哀れに思い、一夜、武蔵を助け共に宮本村をのがれた。武蔵は、囮として捕えられている姉を救出せんと日倉の牢に向ったが、姉は沢庵に救われていた。沢庵は武蔵を、姫路の白鷺城に連れていった。そして天守閣の開かずの間に武蔵を残し沢庵は去っていった。強いだけの武蔵に学問を習わせようというのだ。ここを暗黒蔵として住むのも、光明蔵として暮らすのも武蔵の心にある、という沢庵の言葉に、武蔵は学問にうちこんだ。この一室を母の胎内と思い生れ出る支度にかかろうと決心したのである。一方、お通は花田橋の竹細工屋喜助の店で武蔵が出てくるのを待つことになった。宮本村では、権六叔父を供に連れたお杉姿がお通成敗の悲願をかけて旅立った。

1949年，正当中国人民解放军在全国范围取得决定性胜利的时候，在我国西北边远的南疆却仍像一池死水，黑暗势力依旧重重地压在人民头上。在南疆古老的喀什县的一个农村里，大地主乌斯满用威逼利诱的办法霸占贫农斯地克的女儿阿娜尔罕。在举行婚礼的夜晚，阿娜尔罕不愿忍受凌辱，抗婚逃跑未遂。结果反被乌斯满打得奄奄一息，扔在了马棚里。长工库尔班同情阿娜尔罕的遭遇，帮助她逃出虎口。这时解放军进疆的消息频频传来，乌斯满和披着宗教外衣的反革命分子依明卡仔勾结，摇身一变为宗教界人士，俨然是一个道貌岸然的卡仔阿訇了。他为了笼络人心，伪装愿意解除同阿娜尔罕的婚约，另一方面对库尔班放走阿娜尔罕也不追究。村里的富裕中农买买提很早就垂涎着阿娜尔罕，这时乘乌斯满解除婚约的机会，急忙到斯地克家来求婚。但是阿娜尔罕的心已深深爱着救过她的库尔班了，买买提只得拿着聘礼失望地离开阿娜尔罕。由于乌斯满怀恨在心，阿娜尔罕和库尔班不得不远离家乡，双双来到一望无垠的戈壁滩上，面对着红柳沙丘举行婚礼。然而荒凉的沙漠毕竟不能长此生活下去，阿娜尔罕又怀了孩子，他们的生活境遇越来越糟糕。1950年南疆终于和平解放，阿娜尔罕和库尔班又回到了家乡。但是乌斯满的势力仍然控制着这块地方，他利用宗教势力把叛教徒的罪名强加在阿娜尔罕和库尔班的身上，尽管进步阿訇玉素甫反对他这种借宗教来报私仇的卑劣行为，但是他仍不顾一切地把阿娜尔罕和库尔班活活分离。阿娜尔罕听到库尔班下落不明的消息后，跳入涝巴，被买买提救起。买买提乘机再次向阿娜尔罕求婚，然而阿娜尔罕一心怀念库尔班，拒绝了买买提的要求，于是她一直被锁在买买提的果园里，和外界断绝了联系。这时正好张杰领着减租减息工作队来到这个村子，群众沸腾的情绪越过果园的围墙感染了阿娜尔罕的心，阿娜尔罕冲出了果园，在斗霸会上揭露了乌斯满伪善的嘴脸。乌斯满急忙利用宗教的力量来转移群众的注意力，又唆使买买提拉住阿娜尔罕的后腿。正巧这时库尔班也回到本村来担任工作队长，他经过党的几年培养，已经是一个干部了。库尔班同阿娜尔罕的重逢，使乌斯满胆战心惊，于是他唆使买买提的母亲造谣，并到工作队闹事，说工作队的库尔班抢走了她的儿媳妇。然后乌斯满又指使司马仪谋杀买买提，最后嫁祸于库尔班。一时是非混淆，乌斯满的气焰又高涨起来。但是邪不压正，在党和毛主席光辉的民族政策照耀下，工作队领导群众终于战胜了披着宗教外衣隐藏在伊斯兰教内部进行反革命活动的敌人。张杰团结广大群众，争取宗教界的爱国进步力量。在铁证如山的罪证面前，乌斯满等反革命分子不得不低头认罪，得到了应有的惩罚。阿娜尔罕和库尔班经过重重波折，终于同新疆各族人民一起，获得了真正幸福自由的生活。

影片分为《旗帜》《看见》《寻找》三个单元叙事，讲述志愿垦荒、西部支教、公益助学三个不同年代的热血青春故事，展现每一代青年都有自己际遇和机缘，彰显中国青年时刻与祖国同呼吸共命运的时代精神。