数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭受到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的朋友，要跟人类建立起同盟关系，更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的，X星人根本是要把人类当作粮食来利用。虽然外星人的真面目被揭穿，但是外星人拥有不可思议的超能力，还有手下听命于外星人的巨大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计策，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最强大怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....

———— 身長差15メートルの恋未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや人型戦闘兵器・衛人 （ルビ：モリト） のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。なんとか勝利をおさめたのだった。あれから10年－。シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。

为了探明日本列岛一系列的异常地壳运动情况，地球物理学者田所雄介博士（小林桂树 饰）与助手幸长信彦（泷田裕介 饰）乘坐小野寺俊夫（藤冈弘 饰）驾驶的潜艇出海考察。在小笠原群岛附近的海沟处，海底莫名其妙的乱泥流令博士忧心忡忡。经过对各方材料缜密慎重的调查，田所博士作出一个震惊全国乃至世界的预测“由于地球变动，日本即将在两年之内完全沉入海底”。他的预测起初并未得到政府的完全信任，然而在此之后各地强烈地震相继爆发，休灭火山也重新喷发，事态正以出乎意料的速度恶化。在这个与世隔绝的岛国，人民陷入前所未有的疯狂之中……本片根据小松左京的同名原作改编。

罹患不治之症的David（张智霖 饰），醉驾失控冲向隔邻行车线，休班警员Sam（古天乐 饰）和妻子阿思（佘诗曼 饰）于两车相撞前及时扭軚，避过一劫。David的车和跟在Sam车后的一辆车迎头相撞，司机Patrick无辜惨死。失恋寻死的小红从天台一跃而，恰巧堕到Patrick车顶。此时，新晋歌手Jamie与舅父驾车经过，好奇查看时，遭重型货车撞死。负责处理小红尸体的仵工志强（林家栋 饰），因想还清赌债而偷走了陪葬的龙凤镯，却一直不能将其变卖。Patrick未婚妻雨欣（蔡卓妍 饰），为完成丈夫的遗愿经营渡假屋，却接连发生怪事，David为了赎罪前来暗中帮忙。Jamie的黑胶唱片被扔掉后仍不断重回到Sam和阿思家中，涉及车祸的人无不遇怪事……