一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。柯克命令“赏金号”进入引力弹射状态，利用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市，船员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。此后，他们开始寻找能与外星探测器沟通的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器，以及能让猛禽舰恢复能源供应的物质——在星舰穿越时空的旅途中能源几乎被耗尽。柯克与斯波克最终获得了一位鲸类专家吉莉安·泰勒博士的协助，她在索萨利托市鲸鱼协会照料两头座头鲸。在经历了许多的困难后——包括让泰勒相信他们的确来自未来——进取号的船员们成功地营救了两头座头鲸，并将它们带到未来，及时地拯救了地球。然后船员们被带到了联邦委员会的面前，接受众多的指控。没有被作为被告的斯波克也与其他船员们站在了一起。最后，鉴于他们新近的英勇表现，除了对柯克中将的控告外，针对其余被告的所有控告都被撤销。柯克以作为一名上级军官却违背命令的罪行被判有罪，并象征性地被降职为上校以示惩戒；但作为对他英勇行为的表彰，他被任命为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号船员一同来到23世纪的泰勒博士，决定加入星际舰队并成为一名科学官。作为情节框架的支线剧情，展现了斯波克逐渐地恢复了他的记忆、他此前获得并接受的人类传统，以及他对自己情感的承认。在影片开始时，他不明白母亲询问他的“感觉”有何意义；但到最后，他已能足够意识到“感觉”对人类的重要性，并托父亲告诉母亲，他“感觉良好”。

属于“niconico人生中心”宗教团体的三人互相称呼对方为接线员、副议长、议长，共同生活在孤岛上。他们作为前往安居之地的修行，一边执行冥想、做过的梦的报告、心灵感应实验等发送邮件指令，一边用少量的食物勉强维持着生活。这一切都是为了净化性欲、过度的食欲、物欲等俗世的污秽，向“安居之地”出发的修行。但是，与饥饿的斗争，突然出现的入侵者，仅仅是一点点的破绽，三人的本能和欲望渐渐被暴露出来。

正是狂风暴雨时节，路飞、娜美、索隆等人登上一艘行将沉没的海盗船，并发现一个巨大的藏宝箱。众人费了九牛二虎之力，终于将箱子带回梅利号。结果发现，箱子里没有任何金银财宝，而是一个长相怪异且有些脱线的老太婆。老太婆唯恐路飞他们杀掉自己，于是许诺愿用金冠的秘密交换的生命。所谓金冠，传说是一顶价值连城的王冠，只有真正的海之王才能拥有。路飞相信了老太婆的话，于是扬帆朝目标之地挺进。众人来至老太婆所住的机械岛，然而老太婆的儿子兰切特以为路飞等人是劫持了自己母亲的盗贼。他一面救回母亲，一面利用其研制的机械巨兵向梅利号展开攻击。寻找金冠的道路上危机重重……

広瀬雄一は、7歳の少女伊織と出会い、彼女を自分のアパートへ連れ帰った。みなし児だった伊織は、那波家にひきとられたが、ひどいこき使われ方をされていた。人間不信に陥っていた彼女を、雄一はひきとるため那波家を訪ねる。東京に家のある雄一は、仕事で札幌に赴任しており、彼の面倒は家政婦のカネが見ていた。カネは反対するが、親友、津島大介の励ましもあって、雄一は伊織を育てる決心をする。十年の歳月がたち、伊織は17歳。雄一は伊織に北大を受けさせようとしていた。彼女の高校には、同じく北大を受けようとする那波家の次女、佐智子もいた。そして伊織の住む雄一のアパートに、那波家の長女、裕子が引っ越して来た。裕子の歓迎会がアパートの住人たちによって開かれ、見事な舞踊をみせた彼女は、一たん自室へ引きあげた。