将少林寺视为眼中钉的清廷利用安插在少林寺中的奸细提供的情报，调遣了各路高手火烧少林寺，处心积虑地想一举消灭少林子弟。事出突然，寺中僧人及俗家弟子仓促应战一番后十死其九。捡得性命的方大洪（孟飞）逃向广东与李式开（戚冠军）会合，商议如何继续反清复明。而胡德帝（姜大卫）、蔡德忠（狄龙）、马超兴（傅声）等人则北上中原，千方百计查找寺中内奸，决意为死去的少林弟子报仇。——五人一度对少林功夫有所怀疑，后来才醒悟怪不得少林功夫，只怨自己学艺不精，于是潜心修炼终成正果，被后世称为“少林五祖”。

日本昭和四十六年六月的一天清晨，东京蒲田发生了一起杀人案。被害者是一位六十来岁的老人，被人用钝器击伤头部致命，但凶手却制造了一个被火车压死的假象。根据被害人曾经到过的罗恩酒吧的女招待说，被害人曾同一个年青人一起来过这里，年青人讲话带着浓重的东北口音。综合诸多线索，警察吉村和今西将嫌疑犯锁定为年轻的音乐家和贺英良。在死者家属的认领下，被害人的身份终于弄明白了：他叫三木谦一，过去曾是岛根县的一名警察，退职后回江见老家做生意，数天前离家，说是去伊势参拜神社，一去就再也没有回来。吉村和今西赶到三木谦一当年任职的地方龟嵩深入侦查，找到了与三木关系密切的桐原老人，又查阅了龟嵩村史，得到的材料是：三木心地善良，人缘极好，老伴过早去世，没有留下孩子。在职期间，他曾遇到过父子两个乞丐，并收养了那个乞丐的儿子，而那乞丐的原籍是石川县江上郡。今西又按桐原老人提供的地址来到了乞丐父子的家乡石川县江上郡大畑村。调查得知，那男的叫本浦千代吉，妻子与他离异而去，孩子叫本浦秀夫，由千代吉抚养长大，二十年前父子俩离村后就再也没有回来过。吉村和今西在随后调查和贺英良的户籍时发现，战时的户籍已经毁于战火，现有的这份不过是他乘战后重新登记的机会编造出来的。从副册提供的材料，又查出他的本名叫本浦秀夫，父亲叫本浦千代吉，母亲叫阿房，与三木收养的乞丐是同一个人。原来当年本浦秀夫和父亲都得了可怕的麻风病，为了生活，父子俩外出流浪。他们白天乞讨，夜宿祠庙，饥寒交迫，受尽了人世间的凌辱，度过了一年又一年。一次他们到了一个村口贴着禁止乞丐入内的布告牌的村子，千代吉苦苦哀求允许入村，巡警不仅不肯，还把他猛地一下推开。到了昭和十八年八月，当地派出所不断接到地里东西被窃的报告，警官三木谦一根据报告的线索找到了这父子乞丐。好心的他不仅没有把他们赶走，还把千代吉妥善安排到国立疗养院，又把本浦秀夫领作了自己的养子。但不知什么原因，昭和十九年底，秀夫又到大阪当了和贺自行车铺的小伙计，从而伪造户籍，后来，他经过发愤苦学，读了高中，又去东京读了艺术大学，从而青云直上，变成了和贺英良……案发前，三木谦一正在为重新找到自己的养子而兴奋不已，他想找到和贺英良，让他去国立疗养院见自己的亲生父亲，可和贺英良却因为怕暴露了和麻风病父亲的关系会毁掉他的名誉和前程，于是残忍地杀死了养父三木。

来自雪国的年轻女孩江藤良香（松冈茉优 饰）独自在东京打拼，至今从未谈过恋爱的她日常喜欢灭绝动物，关于爱情她念念不忘的是学生时代的帅气男孩阿一（北村匠海 饰）。她将心中所爱所想说给身边的检票员、超市收银员、钓鱼大叔、公交乘客，看起来是那么开朗无忧。在一次公司聚会上，看起来十分不靠谱的男生阿二（渡边大知 饰）主动搭话，之后更向其表白。良香敷衍着这个神经兮兮的男生，心中一直放不下阿一。于是，她鼓起勇气，以其他同学的名义策划了同学聚会。经过一番努力，同学会如期召开，良香朝思暮想的阿一也终于到会，只不过随后的发展却事与愿违……本片根据绵矢莉莎的小说改编。

到千年之交时，一种名为“虚拟现实”的技术将得到广泛应用，它能使人进入一个由电脑创造出来的、如同想象力般无限丰富的虚幻世界，它的创造者预测这种技术将为人类社会的发展发挥无数积极的作用，而有些人则担心它会被一些人利用，成为一种控制人类思想的新方法。在美国一间“虚拟空间工厂”，安吉罗·拉瑞博士正在致力于研究一种能够迅速提高人类智商的“5号计划”。在过去的5年时间里，安吉罗博士的研究对象是几只精心挑选出来的猩猩，试验已经证明，猩猩在虚拟空间的刺激下，智商已经明显提高。可“虚拟空间工厂”的负责人蒂姆斯受到幕后投资人的指使，一直鼓动安吉罗博士通过这种方法对猩猩的原始暴力中枢神经进行刺激，以此来提高它们的攻击性，最终制造出比武器更厉害的东西。安吉罗坚定地拒绝了那些战争流氓的痴心妄想，于是投资人拒绝继续投资，安吉罗也因此遭遇了停职的困境。安吉罗不愿放弃“虚拟空间”项目的研究，但却苦于没有研究对象，一个偶然的机会，除草人乔布出现在了安吉罗的面前。乔布患有先天性的智力缺陷，从小就被神父收养的他受尽了周围人的欺侮和白眼，只有邻居家的小孩彼得愿意跟他交朋友。但乔布天生乐观善良，安吉罗决心让乔布参与试验。安吉罗对乔布的实验和训练进行了仅仅一个月，乔布的智商就增长了4倍，这一惊人的结果令安吉罗充满了信心，但与此同时问题也出现了，家里的研究设备已经无法满足随后的研究需要，安吉罗只好求助于蒂姆斯，希望能偷偷借用“虚拟空间工厂”的中心实验室继续对乔布的实验。蒂姆斯一方面爽快答应，另一方面却向幕后投资人告了密。随着研究的深入，安吉罗发现乔布在提高智商的同时，也显露出了一些超出他预想的迹象，比如暴力倾向，于是他果断地中止了实验。经过调查安吉罗发现，乔布正在的注射的药物并不是自己之前配制的，而是一种直接刺激人的暴力中枢神经的药物，原来是蒂姆斯暗中调换的药物。事实上此时的乔布已经拥有了一种“用思想控制物质”的神奇力量，他甚至借助这种力量烧死了表面仁慈、内心阴暗的神父，一直虐待他唯一的朋友彼得的父亲也没有得到好结果。安吉罗此时才意识到自己可能害了乔布，他努力说服乔布停止进入虚拟空间。但乔布已经失去了理智，他的智商甚至已经超越了安吉罗，并自行进行着实验，更令安吉罗始料不及的是，乔布正企图利用虚拟空间来获得控制整个世界的力量。紧要关头，安吉罗将炸弹安放在了中心实验室，想以此来阻止乔布进入虚拟空间。不甘失败的乔布拒绝离开实验室，在爆炸声中实验室瞬间成了一片废墟。