ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

故事发生在渔港石澳海滩，在这个小渔村，有许多形似女人的石头，被称为情人石，传说是那些盼望情人归来的少女所化。林金水的女儿秋子（郑佩佩 饰）与苏大贵（龚稼农 饰）一直都是青梅竹马，长大后，两人之间产生了深厚的感情。然而，大学生秦宇在渔港偶然遇到秋子，暗中爱上了她，并最终决定留在这个渔村。同时，渔港的另一位女孩曾阿凤（文玲 饰）却爱上了大贵。这使得四个人之间产生了复杂的感情关系和纠葛。在经历了种种波折后，最终大贵与阿凤、秦宇与秋子走到了一起，形成了两对情侣。然而，故事的情节却突然发生了转折，当大贵和秦宇一同出海后，他们再也没有回来。

李岳（王羽）為報父仇刺死佞臣，被朝廷通緝要隱姓逃亡。俠士方君兆（喬莊）遇上李，兩人惺惺相惜。方無意間向李透露心事，表示正為一位女子貞兒（秦萍）查訪失散的未婚夫李岳，其實他本人也情不自禁地愛上貞兒，但以道義故，一心為貞兒追訪李。李因身為欽犯，不欲累及貞兒而隱瞞身份，並捨身犯險獨往與盜激戰，圖消方與貞兒之憂，終於……

米兰妮（蒂比·海德莉 Tippi Hedren 饰）是一个富家女，偶然在宠物店里遇见律师米契（罗德泰勒Rod Taylor 饰），二人萌生爱意。第二天米兰妮带着她的一对宠物鹦鹉到访米契居住的波德加湾小镇，却被一只海鸥袭击，当场受伤。然而谁也没料到，这次鸟袭击人的事件，只是鸟类大规模攻击人类的小序幕。米兰妮留在镇上疗伤，这里鸟语花香，生活本来平静，她还认识了米契的家人和前女友，于米契的感情也渐渐升温，但是鸟类的出没对他们生活的骚扰程度也渐渐升级。这些鸟聚集的越来越多，黑压压的一大片，被它们攻击至伤甚至至死的居民日渐增多，这个小镇陷入一片疯狂的鸟灾当中。人们恐惧接近崩溃，如何赶快逃脱这个恐怖的地方，成了他们迫在眉梢的问题。