过去曾是黑帮成员的东哲，努力洗清黑暗的过去，和天使般善良的妻子智秀过着平凡的生活。某天妻子智秀遭到绑架。不久，一通陌生来电表示要付东哲一笔钱，要求东哲将妻子卖给他…东哲将用行动证明绑匪惹错了人！

这一天，带着博士帽的汤姆雄赳赳气昂昂地站在房子中央。他的旁边是一块黑板，上面画着示意图和说明文字，“老鼠住在洞里，猫抓老鼠”。他拿着教鞭反复陈述这些话，而教授的对象则是一只完全不在状态的灰色小猫。小猫的消极态度令汤姆颇为不满，他不断训斥，谁知杰瑞偷偷爬上黑板，修改了汤姆的教学内容。汤姆愤怒不已，于是命令小猫马上投入实践，抓拿这个闯入课堂的小捣蛋鬼。小猫惟命是从，结果空有一番蛮力，不断遭到戏耍，还阴差阳错成了杰瑞的好朋友，不断学习“猫鼠一家”的新知识。眼前的一切都令汤姆大为光火，他既要培训小猫的捕鼠能力，还要时刻想办法赶走捣乱的杰瑞……

高中生千谷一也（佐藤大树 饰）是一名已经出道的小说家，可是近日里，他的作品在网络上遭到的恶评之声愈演愈烈，一也已经完全不知道该如何继续在写作的道路上走下去了。巧合的是，一也的同伴同学余绫诗凪（桥本环奈 饰）也是一名小说家，她的小说正在大受好评之中，照此情势看来，她的写作生涯未来一片光明。一也的编辑策划了一个企划，那就是让已经过气的一也和炙手可热的余绫合作，创作出能够大卖的畅销作品。就这样，一个非常奇怪的组合诞生了。在合作的过程中，两人渐渐挖掘出了对方身上自己所没有的特质，默契感日渐上升，与此同时，余绫一直隐瞒的秘密也渐渐的浮出了水面。

世间人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，紧接着的……是离别刺耳的警报声骤然响起，通过无线电传入每个人的耳中。八号殖民地“白雪公主”正遭到突如其来的袭击，防御力量正被迅速瓦解。与此同时，“白雪公主”内部突然出现几个头带斗笠象僧侣一样的人开始追杀研究员……当入侵的机器人突入“白雪公主”的时候，里面已经血流成河。那些僧侣们留下一句“你来迟了一步，复仇者，你还未够道行啊”，就神秘的消失了。接到求救的联合宇宙军战舰迅速赶到，但是“白雪公主”各处已经开始发生爆炸。入侵的机器人留下的唯一踪迹是玻色子跳跃前的模糊影响，而这种跳跃应该是比它大几十倍的大型战舰才能做到了，幽灵机器人的说法因此不径而走。因为四个殖民地连续发生爆炸，地球统合军成立意外调查委员会负责调查次事，但他们不信有关机器人玻色子跳跃的事情，还把宇宙军排除在外。为此联合宇宙军自行展开调查，计划从玻色子跳跃系统入手，这就牵涉到葫芦计划。葫芦计划是在人类活动频繁的宇宙区域内的一些殖民地之间建立玻色子跳跃通道，这样拥有次元歪曲防壁可以经受跳跃冲击的战舰就可以通过郁金香方便的来往于各地。按照计划，星野琉璃少校任舰长的机动战舰NADESICO·B奉命出发前往葫芦计划的中枢——殖民地“天照”。在殖民地“天照”，琉璃受到当地指挥官的故意怠慢，于是她将计就计，表面上接受殖民地安排的所谓“检查”，暗地里利用NADESICO·B里的超级电脑“思兼”侵入“天照”的电脑系统，结果不仅发现有葫芦计划正式设计图上没有的玻色子跳跃通道，还发现大量非正式的玻色子跳跃的人体实验记录。正在这个时候，“天照”内的电脑系统出现反常现象，电子屏幕上充满了OTIKA的字样，无法正常工作。“OTIKA反过来就是AKITO，也就是明人”，突然想到这点的琉璃似乎预感到什么，“那是暗号，还是巧合？但是那个人……明人和由利加已经死了呀。”入侵者终于出现了，在玻色子的灿烂光芒中。连NADESICO也无法识别的入侵机器人虽然只有十来米长，但是激动性和威力却非常强大。这时琉璃果断地命令NADESICO进入战备状态但不参与“天照”的保卫战斗，而是静观其变。另一方面，天照出动的是凉子带队的爱特巴里斯队，入侵者似乎抵挡不住迎击而想要撤退，可是谁知这是调虎离山之计。当爱特巴里斯队被引到殖民地外圈的时候，一艘不明战舰突然通过时空跳跃出现，用重力波炮攻击使殖民地警卫队损毁严重，入侵机器人也乘乱进入了殖民地内部。“你认识的天河明人已经死了，我想你收下他曾生存的证据”星野琉璃，被称为“电子的妖精”的女孩，NADESICO·B的舰长琉璃+超级电脑思兼+NADESICO·C= 无敌最后的决斗就在眼前，明人乘坐的黑色机器人蓄势待发“他会回来的，如果他不回来，我们便追上去，因为那个人对我们很重要”这时在殖民地指挥部，一伙自称火星后继者的人发动政变占领了“天照”，而另一方面紧随入侵机器人进到基地内部的凉子在那里见到了上次战争中地球和木星都想得到的火星遗迹——玻色子跳跃的黑匣子。黑暗中突然传来一阵摄人心魄的铃声，“危险！”，听到了黑色机器人驾驶员的警告，凉子侥幸躲过了偷袭。偷袭者出现了，他们就是上次在“白雪公主”大开杀界的那些僧侣，也是火星后继者背后的影子——心黑手辣的暗杀者。僧侣的首领向黑色机器人发话了，“你要死在自己的妻子面前吗”，随着这话音，遗迹缓缓展开，出现在里面的竟然是由利加。原来由利加没有死啊，凉子想，那么明人呢？刚才黑色机器人驾驶员的声音怎么这么耳熟？啊！是明人，他们都还活着！混战中凉子被赶来支援的赤月救出，明人和由利加下落不名。“天照”终于被火星后继者给爆破了，之后火星后继者占据了火星极冠，在那里和他们的支持者集结，想要依靠遗迹的力量和统合军对抗。通过调查，大家得知火星后继者造就和尼鲁加路的竞争对手联合起来，希望通过掌握波色子跳跃通道的“葫芦计划”来达到起野心。为此需要那些为数不多的A级跳跃者来做玻色子单体跳跃的领航员，明人和由利加就是在蜜月旅行的时候被火星后继者绑架了的，当局为了保密才宣称他们不幸遇难。后来明人侥幸逃脱了出来，一直在暗中和火星后继者战斗。面对新的威胁，琉璃等人奉命回地球召集人手，已经退役的原NADESICO成员又重新聚集起来，更有不少年轻人加入。然而，到达地球的不只是他们……战斗即将爆发，结局到底是什么样的呢？