据说基拉祈只有一千年才会醒来一次，吸收千年彗星的力量，反哺给大地，从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕，魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安，将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚，他们便在这里吃晚饭，并决定在此露营过夜。深夜，当大家都在睡梦中时，一群车队从山的那头驶过来，惊醒了小智一行人。在游乐场的小市上，小遥买下了一款挂饰“圆梦之星”，据说，在可以看见千年彗星的七天之间，每天晚上都默念愿望，折入一个星星的角，等第七个夜晚结束的时候愿望必定会达成。小智和小胜意外成为了魔术师巴特勒的幸运观众（因为小胜听到了黛安手中结晶发出声音而跑向舞台）。巴特勒告知小胜是吉拉祈发出了声音，随后将结晶托付给了小胜。在远方一片森林深处，岩石发出了绿光，这些绿光聚集到小胜眼前的结晶。结晶的光芒愈加耀眼，它漂浮到空中，在白色的光辉中伸展出许多白色线条，同时慢慢变形。待白光褪去，结晶已经变成了基拉祈。希望基拉祈真的能实现愿望，小胜向基拉祈许愿，希望得到糖果，糖果随即出现——但事实上基拉祈仅仅使用了瞬间转移从小市搬来了糖果，并没有创造它们。巴特勒的野心随即揭晓：他本是岩浆团的成员，致力于复活超古代神奇宝贝固拉多。他研发出了完美的系统，但无法找到足够的能源支持；为此，他企图利用基拉祈吸收的能量来满足自己的目的。预见了潜在危险的阿勃梭鲁——其出现往往昭示着灾难——带领黛安和小智一行启程赶回法恩斯。在基拉祈回归沉睡的前一天，小胜为即将失去一位朋友而感到失落，所以小智讲述了自己的朋友之一——小霞的故事，并说即便二人再难见面，但二人的友谊长存。在一行人赶到之前，巴特勒追赶而至，夺走了基拉祈并尝试获取能量。巴特勒的计划实施后，一只假固拉多被创造出来，后者开始将法恩斯化为荒芜，杀死了身周的植物，并不断吸收所有活着的生物。当戴安被假固拉多吞没之时，巴特勒终于认识到二人的感情才是最重要的，在小智与小胜的帮助之下，巴特勒终止了进程，假固拉多融化并最终消逝。基拉祈重新吸收了创造出固拉多的能量，并陷入了千年沉睡。小遥因为过度兴奋，忘记了折入最后一个星星的角。尽管小遥从未表明自己的愿望，她坚信这愿望定会成真。

二战后期，盟军飞行员欧文（Paul Kersey）因飞机被日军军舰击中被迫降落在长城脚下，生命危急之际，他被八路军和当地老百姓救下，不久，战士黑子（王新军）和懂英文的女军医安洁（宁静）奉命护送他前往根据地。为渡过黄河，黑子先带欧文和安洁潜回他的家乡，徒生波折险些丧命。通过与安洁的交流，欧文对中国有了更深的了解，他渐渐爱上美丽、聪慧、坚强的安洁。黄河近在眼前，就在他们以为可以顺利渡过时，日军突至对他们进行了疯狂的阻击。

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……

电影讲述了一场已经预测到的台风即将来袭，主角一家固执的父亲、忙碌的儿子和叛逆的女儿越过整个风暴城市，潜入实验室联手解决风暴危机，拯救全城生命的故事。