脑子缺根弦儿的九能带刀（鈴置洋孝 饰）路过邪马台古董店，在店内看到了极为珍贵的凤凰蛋。传说只要拥有这枚蛋，便可领会到威力无比的魔剑凤凰剑。为了打败宿敌乱马（山口勝平 饰），成为至高无上的强者，九能强买下凤凰蛋。不过店主（北村弘一 饰）叮嘱，无论如何千万不能将蛋放在头顶，否则将由可怕的事情发生。不幸的是，乱马无意中将蛋放在了九能的头上，一只长相奇怪的鸟儿诞生了。它帮助九能成为足以打败任何对手的强者。争强好胜的乱马无论如何都要挽回面子……本片根据高桥留美子的漫画《乱马1/2》改编，系该动画的剧场版第3部。

战国时代，世道纷乱，正邪颠倒。在一个名叫天魔谷的地方，天魔太郎（梶健司 饰）、新田次郎（荒戸源次郎 饰）、三途三郎（五條博 饰）、池四郎四兄弟雄踞于此，干着剪径的营生。此外，以冷眼少女庵（田中真理 饰）为首的7人疾风少女组也在这里出没。两组人马经常聚会，饮酒食肉，尽情享乐。某日，天魔太郎探得将有运送120支枪的队伍在附近经过，遂决定将其截下。不过运送方早有防备，天魔一伙扑了个空，而深爱太郎的庵技高一筹，抢下这批枪支。不久，少女们结伴去城中游玩，名叫奈奈（山科ゆり 饰）的被追查枪支的人抓住折磨致死，疾风少女组更遭到惨烈打击。与此同时，幕后的阴谋也渐渐浮出水面……

ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。

清洗墙壁涂鸦的春（冈田将生 饰）无意中发现了多处涂鸦，这些涂鸦与最近在仙台发生的多起纵火案件有着千丝万缕的联系，总是出现在纵火案现场附近。觉得暗藏玄机的春找来了哥哥泉水（加濑亮 饰）商量，二人作为秘密侦探开始跟踪这系列纵火案。与此同时，24年前某案件的犯人（渡部笃郎 饰）刑满释放。看似没有联系的两起案件，背后却紧密交织着。随着案件的深入，被掩盖的秘密一一浮出水面，有震惊有无法接受。最终的真相是什么，兄弟二人能否解决危机，一切都是未知……本片改自伊坂幸太郎的同名小说，这也是他的作品第六次被搬上荧幕。