《同级生》作者中村明日美子的耽美漫改新片。壹河光夫和市川光央从少年时代就形成了一个听从另一个命令的主仆关系，长大后的一件谋杀将指引他们再度交织。

在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来保护雪拉比。突然，神秘的口袋怪兽Suicune出现了。据说这只神奇的妖怪具有可怕的能力......

宮城県石巻市の復興住宅で一人息子と暮らす真城蒼（綾瀬はるか）は一見、明るく立ち直ったかのように日々の生活を送っている。しかし、あの日、津波で行方不明になった夫・高臣（高良健吾）を待ち続けている。当時、高臣と義母の浅子（阿川佐和子）が大切に営んでいた本屋兼自宅も流されてしまい、その土地は災害危険区域に指定されたため、元の場所へは戻ることができずにいる。あれからまもなく１０年。蒼はコツコツと買い直した本と貯めてきた開業資金を手に街中の空き家をリノベーションして、高臣の愛する本屋を再開させることを決める。その時、義理の妹・遥（土村芳）の紹介で、人付き合いが苦手な移住者の建築士・葉山瑛希（池松壮亮）と出会う。当初は正反対の性格と異なる境遇からわかり合えない二人だったが、行方不明の夫・高臣の本屋を一緒に作るうちに互いにひかれあっていく。二人はうまくいくかに見えたが、高臣の存在が大きく、蒼も瑛希も踏み込むことができない…。

哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發俄島。他們發現島上出現的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府攔截，但那時金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？同時自衛隊正進行「火焰攻擊大作戰」，把汽油倒入河中然後燃點著火，哥斯拉竟然沒有直接渡過河流。不過哥斯拉在高壓電流前竟不能突破，還被嚇走了。另一方面，逃走了的金剛面對阻擋哥斯拉的電塔竟輕易被他突破，而且在發瘋地吃著美味的電流，金剛終於到達市中心，更捉了櫻井的妹妹作為人質登上國會會議廳，自衛隊便利用法羅島體細胞莓汁展開「美味果汁迷迷糊糊大作戰」莓汁從天而降，在空中爆炸灑落在金剛身上，令金剛暈倒了。自衛隊防止金剛破壞城市，又展開「氣球輸送大作戰」，大氣球綁在金剛身上，帶著牠往富士地區，被運送到富士高原的金剛，與哥斯拉再次決鬥，哥斯拉再把金剛打倒，更放出放射火焰令森林著火。幸好有股雷暴經過，閃電擊中金剛，電流被吸進金剛身體中，令他醒來，變成超級撒亞人般。金剛再戰哥斯拉，金剛使出雷擊拳，雙手找著哥斯拉的尾巴，然後三百六十度一轉把哥斯拉拋到另一處再戰，把熱海城徹底破壞，最後2頭怪獸更滾下山跌入海中。不久在海上只看到金剛的身影，哥斯拉被打敗了。其實東寶為了不想得罪美國，在故事中，哥斯拉是被打敗，但為鞏固哥斯拉在日本怪獸王的地位，卻在官網寫成平手！哥斯拉和金剛共戰3場，富士山1敗，電塔1勝，熱海城1勝。