春秋战国时期，一位叫秦越人的医生，因医术高超，被百姓称做传说中的神医扁鹊。他本有一个幸福的家庭，但为了求得真正的医术，常年背井离乡周游列国于民间行医。一次，他在虢国，那里正流行瘟疫，他冒着生命危险为老石公治愈了重病，并亲自到牛头山揭露了假借扁鹊名义跳神弄鬼愚弄百姓的巫祝，使百姓相信医学才能治病。扁鹊通过长期实践，总结出望、闻、问、切四诊法，为百姓治愈了许多疑难疾病。正中这时，虢太子病重，宫内大幡高竖，似要准备办丧事。扁鹊到达，当机立断，用银针在"百会"穴位行针，虢太医、巫祝等均不相信能奏效，但行针后，太子果真苏醒过来。虢夫人见爱子起死回生万分高兴，便设酒宴挽留扁鹊，想命他为太医令。但扁鹊离不开民间，便婉言谢绝了。谁料巫祝焚香请神烟熏火燎，再次使太子昏厥，虢夫人斥退巫祝，请来扁鹊用神针又一次救活了太子。扁鹊逃离虢国宫门返回牛头山。虢夫人派人追请扁鹊，巫祝买通骑士欲暗杀扁鹊。此时扁鹊的医宗医册被人偷走，他悔恨莫及。虢夫人派的人马很快赶到。在危机之时，老石公挺身而出，穿上扁鹊的衣冠，翻身上马直奔山路。追兵穷追不舍，迫使石公走上悬崖,被巫祝买通的骑士用暗箭射死，人马一同坠入万太深渊。虢宫便以为扁鹊死了。扁鹊收石公之子子豹为义子，乘车弃医返回故里，他为天下不平事而郁闷不乐。齐国国君齐桓侯召见扁鹊，扁鹊一见齐王，就断定齐侯身有隐蔽的重疾，要求快治。不料齐王不相信，遂将扁鹊轰出了宫门。数日后，齐王果然病入骨髓，但因听信太医中伤扁鹊之言，而讳疾忌医，终被病魔夺去了生命。太医反巫告扁鹊，齐夫人便命卫士捉拿扁鹊问罪，未拿到扁鹊，却把扁鹊夫人处死。扁鹊只得带儿女流浪至秦国达九年。扁鹊之女玉洁与义子子豹也成婚生子。秦王礼贤下士，私访了扁鹊，扁鹊向秦王倾诉了他著书流传后世之志，得秦王赞许。扁鹊意外地发现丢失多年的医书被太医窃为己有，他气愤之极当场戳穿真相，齐太医与巫祝依仗权势将扁鹊一生的心血所著之内外经书焚成灰烬，并派人暗杀了扁鹊。子豹又背起扁鹊药囊，踏上了艰险的医学之路。

漫画第16卷（2020年4月3日发售）的动画BD同捆版收录时长25分的OAD。

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