亚历山大（盖·皮尔斯 Guy Pearce 饰）博士是一位狂热的科学爱好者，他一直想证明时间旅行是可行的，并将全部的精力都投放到了时间机器的研究中。可是一天，未婚妻的意外离世让他悲愤不已，并加紧了时间机器的研制，希望能重返过去，拯救未婚妻的生命。时光机研制成功，亚历山大成功穿越到了过去，亲眼目睹了未婚妻的意外事故。可是无论他回到过去多少次，都没有办法救回未婚妻，未婚妻都会因为各种意外事故身亡。问题，到底出在了什么地方？亚历山大为了解开这个谜，将寻找答案的希望放在了过去。不停的穿越，不停的前往未来寻找答案……直到八十万年后的地球，亚历山大发现，人类已经进化到跟现在完全不一样。而那时的地球上分为了两个派系爱好和平的伊莱人和好战的莫洛人，为了帮助伊莱人摆脱莫洛人的统治，亚历山大不惜毁掉时光机，而他也发现了最终的秘密。

琛仔（古天乐饰）、紫少（雷宇扬饰）和长发（丁子峻饰）是广播台灵异节目的当红主持人。老板（谷德昭饰）为达收听率不择手段，没有告知三人当年有人因为作该节目暴毙的事。一日三人夜晚作节目时接到一个名叫Anita（李蕙敏饰）的少女打来的电话，诉说痛失男友的痛苦。不耐烦的长发让Anita想不开就去跳楼，结果Anita就范。此后，三人身边开始不断出现怪事，情况也越来越凶险......

安宁寂静的大森林开始遭到人类的入侵，粗壮的树木被砍伐，链锯喧嚣刺耳，动物们惊恐逃窜。鼯鼠妈妈正在哺育出生不久的幼崽，面对摇摇欲坠的大树无计可施。鼯鼠夫妇情急之中叼起幼崽逃跑，慌乱间一只幼崽跌落大树。夫妻俩遍寻不见，伤心不已。幸运的幼崽落在宽大的树叶上，在森林之神的哺育下渐渐长大。小鼯鼠开始学习飞翔，但受到鸟儿们的欺负，它奋起反击，打败了嫉妒的鸟儿们。这时伐木工再次来到森林，动物们全都垂头丧气。得知原委后，气愤的小鼯鼠决心教训一下无知的人类……

漁業飛行員月岡和小林在無人島上的石洞目擊哥斯拉和一隻背面長出長刺的怪獸正在打鬥。返回大阪後，二人立刻報告, 對策本部立即被成立，並查那一隻長刺的怪獸叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一樣受氫彈試驗而蘇醒， 山根博士在沒有兵器對抗哥斯拉的情況下， 建議用燈光誘導怪獸回海的方法。在燈火管制下，大阪灣出現哥斯拉，防衛隊在灣外發射照明彈作誘導。可是，有幾位囚犯趁疏散時逃獄，他們搶了運油車。為逃避警方追捕，他們在大阪市中飛車，由於車速過快，運油車失控撞進工廠，引發大爆炸，壤成火災，以致哥斯拉向著大阪上陸。破壞大阪上的建築物，後來更在大阪城跟安基拉斯死斗，哥斯拉最後咬死暴龍安基拉斯，再以放射火焰把安基拉斯火化，哥斯拉回到海中消失身影。轉了公司一起到北海道的月岡，在那裡與從前的戰友再次相見。在大阪消失身影的哥斯拉突然在北海道海上被發現。哥斯拉更在神子島上陸了，轟炸機趕至並發動全面轟炸，但對哥斯拉完全沒有效。小林的飛機被放射熱線打中，接著墮機犧牲。在那個事故後引起雪崩的先兆，於是他們就對哥斯拉展開「雪崩埋沒大作戰」。月岡放出飛彈令雪崩發生，最後哥斯拉終於被雪和冰淹沒了。由於沒有比核彈更利害的氧破壞劑，令山根博士對打敗怪獸感到悲傷，再次看出在他眼中只有核彈或氧破壞劑的思想，而忽略借用大自然的力量去對抗，「雪崩埋沒大作戰」便證明自然力量大於一切，即使一隻無敵怪獸王也輕意被推倒。