敘述一個出門幫媽媽買藥的小女孩被車撞死. 然後變成鬼魂復仇的故事。

金明姬是朝鲜第八特别部队的特工，自1993年潜入韩国之后，暗杀了多名政要。她的行动引起了韩国特工机构的注意，并派特工崔相焕（韩石奎 饰）和李正希（宋康浩 饰）调查她的下落，可是她却销声匿迹了。1998年，金明姬又出现了，她让黑市军火商人林光超帮忙找新武器液体炸弹CTX，林贿赂国防部研究院的研究员金宗叔帮他偷，没有得手。事情暴露后，二人先后被金明姬杀害。因为金明姬的失败，朝鲜派出了以卜万坤（崔岷植 饰）为首的特工队伍，在韩国军队运送CTX参加军火展览途中将炸弹劫走，准备破坏即将举办的两国友谊足球比赛。这一切，让崔相焕、李正希和他们的上司高部长十分苦恼，他们发现，金明姬总能先他们一步找到目标，破坏他们的行动，金明姬就在他们身边，或许正是最亲近，最不设防的那个人。

四年前的那场决斗过后，瑞根（琳达·布莱尔 Linda Blair 饰）终于从附身恶魔的阴影中解脱出来。现在，她已经成为一个看似快乐正常的少女，但内心深处隐藏着未知的秘密。一位神甫（理查德·伯顿 Richard Burton 饰）为了揭开当年恶魔事件的真相，决定运用催眠术深入瑞根内心的潜意识，然而，他万万没有预料到这一行动将再次唤醒瑞根内心深处沉睡的怨灵。被释放出的怨灵扭曲了瑞根的内心，她的眼神变得阴冷，行为变得异常。恶魔的诅咒再次笼罩着瑞根，似乎她无法再逃离这无尽的黑暗。现在，神甫再度面临巨大的责任，他必须寻找办法阻止怨灵的肆虐，拯救瑞根的灵魂。

哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發俄島。他們發現島上出現的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府攔截，但那時金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？同時自衛隊正進行「火焰攻擊大作戰」，把汽油倒入河中然後燃點著火，哥斯拉竟然沒有直接渡過河流。不過哥斯拉在高壓電流前竟不能突破，還被嚇走了。另一方面，逃走了的金剛面對阻擋哥斯拉的電塔竟輕易被他突破，而且在發瘋地吃著美味的電流，金剛終於到達市中心，更捉了櫻井的妹妹作為人質登上國會會議廳，自衛隊便利用法羅島體細胞莓汁展開「美味果汁迷迷糊糊大作戰」莓汁從天而降，在空中爆炸灑落在金剛身上，令金剛暈倒了。自衛隊防止金剛破壞城市，又展開「氣球輸送大作戰」，大氣球綁在金剛身上，帶著牠往富士地區，被運送到富士高原的金剛，與哥斯拉再次決鬥，哥斯拉再把金剛打倒，更放出放射火焰令森林著火。幸好有股雷暴經過，閃電擊中金剛，電流被吸進金剛身體中，令他醒來，變成超級撒亞人般。金剛再戰哥斯拉，金剛使出雷擊拳，雙手找著哥斯拉的尾巴，然後三百六十度一轉把哥斯拉拋到另一處再戰，把熱海城徹底破壞，最後2頭怪獸更滾下山跌入海中。不久在海上只看到金剛的身影，哥斯拉被打敗了。其實東寶為了不想得罪美國，在故事中，哥斯拉是被打敗，但為鞏固哥斯拉在日本怪獸王的地位，卻在官網寫成平手！哥斯拉和金剛共戰3場，富士山1敗，電塔1勝，熱海城1勝。