乐手小喇叭（韩非 饰）和工厂女工阿翠（李丽华 饰）相恋多年，两人一直渴望能够携手步入婚姻的殿堂，无奈囊中羞涩，没有足够的钱来举办一场盛大的婚礼。小喇叭拒绝了邻居和朋友们的帮忙，想要靠自己的力量凑钱，他好不容易靠卖馄饨赞了一笔钱，却因为阿翠的父亲受伤看病而将这笔钱花掉了。阿翠的爸爸不忍心看见两个年轻人被钱所困，于是谎称住在朋友家，将自己的家让给小两口，实际上流落街头，小喇叭最终发现了老人善意的谎言，又将他请回家。之后小喇叭企图用肥皂箱建造一座木屋用来结婚，可一转眼就被地主给拆除了。日子眼看着越拖越久，这婚到底能不能结呢？

苏·宝特姆斯(珍妮饰)将丈夫与一个女子捉奸在床，却没成想，她的丈夫被吓到心脏病发离世。苏随即把丈夫尸身埋掉。老公的消失，倒是让苏的名望、地位日益增长。但是苏很快发现，她自己不仅要躲避警察和罪犯，更要对她那迫切想要获得猛料的新闻主播妹妹南希三缄其口。

因为遭遇到友情与爱情的背叛而心受重创的日本男子——早濑(渡部笃郎 饰)被日本的一家汽车公司派到上海分公司任职。郁郁寡欢的他结识了上海一对姐妹花。姐姐方敏（徐静蕾 饰）美丽大方，聪慧善良；妹妹方琳（董洁 饰）活泼可爱，青春洋气。姐姐方敏对这个忧郁的绅士产生了好感，同时妹妹方琳也爱上了这个来自异国的英俊男子，她向早濑热情示好，全然忽视与自己青梅竹马的阿德（陈柏霖 饰）的一片痴心真情。心如死水的早濑渐渐被善解人意、温柔善良的方敏所打动，同时拒绝了方琳。而方敏在知道自己身患绝症后，一次又一次地拒绝了早濑的示爱。但最终还是被这个深情的男子感动，两人紧紧相拥。方琳在得知姐姐与早濑的恋情之后，痛斥方敏，让方敏伤心欲绝。方敏的病渐渐恶化，得知真相的方琳向姐姐忏悔。有着深爱自己的男人陪在身旁，方敏露出安静的笑容，躺在爱人怀里静静地离开了人世。

ある日、沖縄の海に奇怪な生物が現れた。オニヒトデを思わせる「それ」は毒液で漁師を負傷させ、瞬く間に日本全域に広がった。それは伝説のニライカナイの古代文明が環境汚染の解決の為の生体浄化システムとして生み出したが、暴走したために結果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。エリアス姉妹は地球の危機を察知して石垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来た小生物ゴーゴが出現し、その尾の装飾リングから宝がある事を悟った本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知っていた。少女たちとエリアス姉妹、そして姉妹と対立する黒い妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッドが海から出現した。だが、宝捜しをしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦となり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引きずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘不能に陥った。エリアスは必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全くきりがない。絶体絶命のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。遺跡の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像から「ゴーゴが宝の主として少女 = 汐里を選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッドを襲撃してきた! 崩壊するピラミッドの最中、モスラはゴーゴの「命の水」の力により、取り付いたベーレムは取り払われ、さらにレインボーモスラとなってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっきまでの状況とは一変し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモスラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモスラ。さらに分身モードとなり、ダガーラの体内から、ベーレムを倒しながら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。