某晚，警察局来了一个不速之客军（王宝强 饰），他向当值探员报称自己杀了五个人，但他既说不出与受害者关系，又不能描述出受害者被杀过程或遇害地点。原来只是计划把五人杀死。探员在记下军的联络住址后便把他驱逐，在探员眼中，他只是一名无聊的精神不正常者。可是不久，督察汉（刘青云 饰）驻守的区域却发生了一件凶杀案：死者形状恐怖，汉认为这种处死方法带有不寻常的动机，不到一星期汉接手另一宗凶杀案，死者也是一名男子，死于一个废置的机械工场。他的死法十分残酷，死者的双脚被强行穿上细尺码的红色高跟鞋，脚面和两侧都钉上了十多口的铁钉。汉在翻查全港可疑人物和案例时，看到了当天军前来自首的记录。汉马上带队前往军的住所进行搜查，可是屋内空无一人，除了大量古旧童话书外，并无可疑之处。但这时候汉还不知道，一张被精密预设的大网张开了，而结局却更是匪夷所思，难以预料。

一天，宇宙開發中心的上空發現了來歷不明的太空船，一名神秘女子出現，中心繼而受到兩隻怪獸的襲擊。超人高斯及時出現，但怪獸極之頑強，高斯幾乎不敵，幸得春野武藏之助，二人融為一體後始威力大增，而正當怪獸快被擊退之際，另一個超人迪斯忽然出現，她竟然出手阻止高斯保護地球，最後竟令高斯及武藏死於怪獸之手。太空船的目的到底是什麼？原來，神秘女子來地球竟是為了維持宇宙的秩序，而要把地球上所有生物全部消滅！為了自救，地球各國各盡辦法，但似乎，高斯的死已是提前判了死刑。地球即將毀於一旦，大家了無辦法，除非奇蹟出現…然而，武藏的親人和隊友都堅信高斯和武藏未死，他們四出奔走，希望奇蹟真的出現！

富士の初日の出を拝もうと旅に出た座頭市は、道中襲ってきた五人のやくざを一瞬の早業で手ひどい傷を負わせた。五人組は傷がいえると市を追って旅に出た。その頃市は、江の島まで船旅としゃれこんでいたが、途中船内でイカサマばくちをしているのを知り、逆にイカサマを利用して多額の金をまきあげた。そこで市は、無頼の将棋好きの浪人十文字糺を知った。江の島に着いた市は、船中にいたイカサマ師の親分江島屋に呼びつけられ、白刃にとりかこまれたが、市の手練の早業で江島屋たちは退散した。が、この騒動で通りがかりの門付け芸人お種の連れていた娘ミキが負傷した。傷は悪化して破傷風となった。責任を感じた市は、破傷風の特効薬である南蛮渡りの生薬を買うために十文字からゆずり受けた十文叩きの妙技で金を集めた。市の買いあたえた生薬でミキの傷は全快した。ところが、ミキを連れて湯治に来た箱根で、市はもみ療治をした縁から、病身の若侍友之進とその妹粂、それに彼らの仲間六平と知りあった。友之進らは父の仇を探して放浪の身の上であった。だがある夜仇の顔を知る唯一の男六平が、ツリ糸のようなもので殺された。そして翌朝市は六平が殺された弁天池に、十文字愛用のウキが浮んでいるのをひろった。市の十文字への疑惑がひろがっていった。これを察したのか十文字もそれ以来市に対して殺気をただよわせるようになった。さらに友之進の証言で仇は将棋好きで得意の絶頂に指を鳴らす妙なくせがあることを知った。もう間違いはなかった。それこそ市と将棋をやるときにみせる十文字のくせなのだ。翌日市と十文字は傷のいえたミキとお種を連れて宿を立った。曲りくねった箱根の山中、頭の中で将棋を指しながら歩く二人は互に対決の機の熟すのをうかがっていた。一瞬二人の白刃が躍った。が倒れたのは十文字だった。追いかけてきた五人組を得意の抜き打ちで倒した市は彼を慕って呼ぶミキの声を背に、一人山道を去っていくのだった。

又是平静的一天，大房子内小老鼠被汤姆追得走投无路。刚刚躲过新一轮的追逐，结果又被对手抓个正着，关在罐头内使劲晃动，完全被团成一个球扔了出去。接下来又被扔在台球桌上，遭受台球的猛烈攻击。被黑八压扁的杰瑞趴在窝内愁眉苦脸，伤心非常。这时一只美丽善良的仙女鼠出现，她帮杰瑞恢复了原状。杰瑞仿佛看到了救星，将所遭遇的不公全部告诉仙女。仙女同情杰瑞的遭遇，于是送给他一瓶粉红色的神秘药水。喝了药水之后，小老鼠变成了透明的样子。在此之后，他将向长久以来虐待自己的臭汤姆展开连番的报复……