在上一集中，爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）救出了被冷冻的同伴们，众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后（Megan Charpentier 饰）的程序发生了错误，变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻，失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克（肖恩·罗伯茨 Shawn Roberts 饰）通过病毒侵入了保护伞公司的系统，他放走了爱丽丝并告诉她，她是人类最后的希望，而为了拯救人类，他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达王（李冰冰 饰），两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时，爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队，从外向内进行突围。保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市，并使用克隆人作为T病毒的实验对象，为了抵达出口，爱丽丝一行人必须穿越东京、纽约、华盛顿和莫斯科四座城市，而每座城市中，都有属于它的丧尸们在蠢蠢欲动。

据说基拉祈只有一千年才会醒来一次，吸收千年彗星的力量，反哺给大地，从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕，魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安，将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚，他们便在这里吃晚饭，并决定在此露营过夜。深夜，当大家都在睡梦中时，一群车队从山的那头驶过来，惊醒了小智一行人。在游乐场的小市上，小遥买下了一款挂饰“圆梦之星”，据说，在可以看见千年彗星的七天之间，每天晚上都默念愿望，折入一个星星的角，等第七个夜晚结束的时候愿望必定会达成。小智和小胜意外成为了魔术师巴特勒的幸运观众（因为小胜听到了黛安手中结晶发出声音而跑向舞台）。巴特勒告知小胜是吉拉祈发出了声音，随后将结晶托付给了小胜。在远方一片森林深处，岩石发出了绿光，这些绿光聚集到小胜眼前的结晶。结晶的光芒愈加耀眼，它漂浮到空中，在白色的光辉中伸展出许多白色线条，同时慢慢变形。待白光褪去，结晶已经变成了基拉祈。希望基拉祈真的能实现愿望，小胜向基拉祈许愿，希望得到糖果，糖果随即出现——但事实上基拉祈仅仅使用了瞬间转移从小市搬来了糖果，并没有创造它们。巴特勒的野心随即揭晓：他本是岩浆团的成员，致力于复活超古代神奇宝贝固拉多。他研发出了完美的系统，但无法找到足够的能源支持；为此，他企图利用基拉祈吸收的能量来满足自己的目的。预见了潜在危险的阿勃梭鲁——其出现往往昭示着灾难——带领黛安和小智一行启程赶回法恩斯。在基拉祈回归沉睡的前一天，小胜为即将失去一位朋友而感到失落，所以小智讲述了自己的朋友之一——小霞的故事，并说即便二人再难见面，但二人的友谊长存。在一行人赶到之前，巴特勒追赶而至，夺走了基拉祈并尝试获取能量。巴特勒的计划实施后，一只假固拉多被创造出来，后者开始将法恩斯化为荒芜，杀死了身周的植物，并不断吸收所有活着的生物。当戴安被假固拉多吞没之时，巴特勒终于认识到二人的感情才是最重要的，在小智与小胜的帮助之下，巴特勒终止了进程，假固拉多融化并最终消逝。基拉祈重新吸收了创造出固拉多的能量，并陷入了千年沉睡。小遥因为过度兴奋，忘记了折入最后一个星星的角。尽管小遥从未表明自己的愿望，她坚信这愿望定会成真。

裘西（德鲁?巴里摩尔 饰）的职业是一名编辑，可是她最想做的是记者。相貌平平的她从未与别人亲吻过，因此她也期盼着属于自己的真爱出现。报社为了增加销量，决定让裘西假扮高中生到校园调查，做一个年轻人言行的报导。这次机会成就了裘西的梦。但进入校园后她受到了同学们的嘲弄，取笑她是丑小鸭。既然当上记者了，裘西就力求把任务做到最好，于是她一改平日的风格，通过打扮要与高中生们拉近距离。可是事情并没有顺利发展，也因为遭到排挤，让她做出来的报道也未能满足老板的要求。事情还是出现了转机，她的同学们终于接受了她。但令她矛盾的事又发生了，裘西与校内的老师森（迈克尔?瓦尔坦 饰）相爱了，老板却要她转为报道校内师生恋的情况……

我们的身上有很多没有被观察到的情绪。在本片中，“我”因为一杯没有扔的咖啡而产生了一种害怕被他人怀疑的情绪。全片围绕着对这种情绪的观察展开，通过描绘四件成长中的琐事，追溯它形成的原因，最后“我”看到了这种情绪的样子。